из- за работы вижусь редко с сыном и низнаю как быть?

Не поймет. Объясняй - необъясняй... бесполезно. До подросткового возраста, ребенок не знает логических объяснений. Он живет чувствами. Если ему без папы плохо, он так и запомнит. Потом не вытравить.
Выход один: как только вы приезжаете домой к сыну, то 80% времени проводить с ним. Не перед компом, ни с друзьями, ни, "по праву, отдохнуть после работы". А только с сыном. На рыбалку, на санках, на стадион, в гости... куда угодно.
И вот тогда он запомнит, что хоть папа бывает редко, но папа скучает, что с папой хорошо, что папа его любит.
И так вы его сохраните.

Понять поймет, но отношений не вернуть. Вы хоть звоните, общайтесь, по скайпу лучше, обязательно ежедневно!

обиды на вас у ребёнка точно будут

Знаю случаи, когда ещё и в упрёк ставили. Не смотря на то, что были в курсе обстоятельств, вынуждающих так поступать (учёба, работа).

вряд ли поймет...
расценивайте изначально данную ситуацию, как временную.
-ищите возможности забрать сына
-возможность найти работу рядом с родителями и ребенком

можно видется редко, но метко. старайтесь компенсировать с лихвой! чтоб у ребёнка были красочные воспоминания после каждой встречи, и чтоб ждал вас снова с нетерпением! часто бывает, что дети живут с родителями, а любят больше бабушку с дедушкой. потому что те балуют и не воспитывают)