У дочки освобождение от физкультуры на 2 месяца, она ее посещает по новому закону, а учитель ставит 3ки, куда обратиться?

Не имеют право. Идите прямо к директору школы.
Освобожденные дети оценки не получают.

Напишите апелляцию на отметку, потребуйте у директора рассмотрения и аннулирования трояков. Директору будет звоночек, что следующая инстанция - управление образования.
Ребенок из простуд не вылезает, а вынужден по мокрым сугробам лазить - это как? Освободили от физры в этой четверти, очевидно, что от лыж, понятно, чтобы ребенок в тепле сидел. А кто за него отвечать будет за время этого урока - это проблемы школы. Пусть хоть в учительскую, хоть в продленку сажают.
Да еще и - отметка за тот урок, на котором ее юридически не должно быть. Это за что отметка - за болезнь? Кто у них там физкультуру преподает? Что именно он оценил тройкой?
У ребенка формируется чувство неполноценности - она по другим предметам отличница, а здесь - трояк. Вкупе с простудой. И в следующих классах будут смотреть - ага, у тебя тут трояки были, ты уже не отличница. Забудь о серебряной и золотой медали.
А если и по другим предметам есть трояки - то тогда что, за все подряд тройки ставить? Это называется - ошибка сходства и подобия. Почему чьи-то ошибки - Вашему ребенку?
Чтобы "сохранить лицо", директор, скорее всего, не аннулирует отметки, это непростая процедура, а предложит их исправить на другие. а на это нужно основание. Таким основанием может послужить, например, написание реферата по физре. Придется писать - но в первый и в последний раз. Вы идете навстречу директрисе. И помогаете ей прикрыть косяки физкультурника. Это Вы ей одолжение сделаете.
А если нет - то департамент образования, и дальше. И параллельно - справки от врача на ребенка. Дальше - это департамент образования субъекта РФ, и Минобразования.

завуч обычно помогает или директор

Для начала к завучу. Не поможет- к директору.
Не поможет- в Обрнадзор и в региональное отделение Минобразования.
Совсем плохо- в прокуратуру и суд...
Ну и про 5-ю власть не забываем. В СМИ можно такую бомбу раздуть, что её потом в СПБГУ без экзаменов возьмут...

Ну тройка, ну и фиг с ней. Кому она вообще нужна, эта оценка по физре?
Может проблема в том что сейчас просто так нельзя с урока ученика отпустить, типа без дела будет болтаться по школе. А оценки 4 и 5 как учитель может поставить, если по факту ребенок не занимается на уроке.

спросите учителя - за что тройки, может, за поведение?

К учителю, к директору, потом в департамент образования

В управление образования!

Для начала к завучу. Не поможет- к директору.
Не поможет- в Обрнадзор и в региональное отделение Минобразования.
Совсем плохо- в прокуратуру и суд...
Ну и про 5-ю власть не забываем. В СМИ можно такую бомбу раздуть, что её потом в СПБГУ без экзаменов возьмут...

Ну 3 и 3. Что вам с этой оценки? Тем более в 3-м классе.

Иди в суд

Обращайтесь ц директору