В чем приемущество Nikon D90 перед Nikon D3100 и Nikon D5000?

В большом светлом видоискателе, более прочном корпусе, более удобном управлении, экранчик сверху есть, ну и по мелочи - разьем для синхронизации с внешними вспышками, беспроводная синхронизация, программная юстировка автофокуса.

Принципиальное отличие только одно. Д90 имеет встроенный фокусировочный движок, что позволяет использовать на нём объективы, не имеющие встроенных фокусировочных моторов. Справедливости ради надо сказать, что безмоторные объективы Никон потихоньку снимает с производства (их уже меньше десятка осталось) и заменяет моторизованными версиями. Но безмоторная оптика и стоит подешевле, и в продаже она будет ещё не один год.
Так что если среди оптики, которая Вам нужна, есть жизненно важные для Вас безмоторные объективы, то имеет смысл взять Д90.

Все остальные отличия весьма несущесственные. Переплачивать за нихденьгия бы не стал, особенно если у Вас их не много. Ведь качество снимков в любом случае от оптики зависит куда сильнее, чем от камеры самой по себе, а приличная оптика стоит весьма не дешево. Поэтому всегда лучше иметь простенькую и недорогую камеру с набором классной оптики, чем крутую и навороченную тушку с бюджетным объективом. К примеру, Д3000 (самая дешевая никоновская зеркалка) в комплекте с AF-S 17-55/2.8 даст на голову лучший результат, чем даже Д300 (самая дорогая никоновская зеркалка с кропнутой матрицей) в комплекте с дешевеньким AF-S 18-55.

По каким именно характеристикам? По второстепенным? Это всё очень похожие аппараты.

прежде всего Д90 гораздо удобнее в управлении, в нем есть "отвертка", позволяющая использовать объективы без мотора.

уже хорошо что не Кэноном сравниваешь ...

Просто попробуйте, качество снимков отличается сразу) Правда сейчас уже имеет смысл смотреть на D7000 он даже D300s по некоторым характеристикам делает.

На вашем месте выбрала бы D5000, собственно я его и выбрала