Объясните, чем отличается фотоаппарат за 50 000 и столько же пикселей за 5 000?

Разный класс. Этим всё сказано.

Чем отличаются "Жигули" от BMW? Вроде и то, и другое имеет четыре колеса и едет... -но стоят по-разному.
Ну и здесь также.
Совершенно разный класс и качество оптики, размер матрицы, функциональные возможности, скоростные характеристики съёмки и т. п.
Всё это приводит и к соответствующей разнице в техническом качестве снимков. Мыльница за 5000 р. способна снимать исключительно фотографии "бытового" качества, и, в основном, только при хорошем освещении (на улице днём). А на камеру за 50000 р. (условно говоря, - естественно, при наличии соответствующей оптики и т. п.) фотограф, имеющий навыки съёмки, - снимет кадр, достойный (по техническому качеству) глянцевого журнала.

Это аппараты разного класса. За 5000 руб. это компакт с маленькой матрицей, несменным объективом, без ручных регулировок выдержки-диафрагмы. За 50 тыс. руб. это аппарат с достаточно большой матрицей (APS-C,4/3),возможностью работать со сменной оптикой, оперативно менять режимы съёмки и т. д.

Очень многим... перечислять долго и нудно (да и лень.)

меньше грязи на снимках
этот аппарат сейчас стоит 125 т. р.

Не так важны мегапуксели, как хорошее стекло. Матрицу с 36МП не "разрешит" мыльная пластиковая лупа, которую суют в мыльницу. "Разрешить" - это значит получить на каждом пикселе свою "картинку", отличную от соседнего пикселя. Для этого нужна большая матрица и чёткое стекло. Ну, и скорострельность имеет значение, заложенная в дорогих аппаратах, ручные режимы.

Оптикой, возможностью смены объектива, быстродействием съемки, размером матрицы, и мн. мн. др.

В солнечный день хоть на компакт, хоть на смартфон можно получить хорошие снимки. Меня всегда удивляет, почему сравнивать пытаются по снимкам в яркий солнечный день. Там разницу под лупой надо искать. Иное дело — не самые лучшие условия освещения.

Меня в сильной степени волнует съемка вечером, ночью и в помещении.
Вот мои сравнения на тему съемок с высоким ISO разными фотоаппаратами:

Сравнение фото iPhone 5s, компакта Panasonic TZ10 и зеркалки Nikon D3100
https://fotki.yandex.ru/users/v-shuld/album/446000/
yadi.sk/d/89oqIGgFbAG9X
(г. Кордоба, Испания, ночной вид)
----
Примерно два месяца назад купил зеркалку Nikon D5300 body + Nikor 18-140 + Hoya 67 mm HMC UV-0 + поясную сумку Lowepro Inverse 100 AW + карта памяти 64ГБ Leef «LFSDPRO-06410R» SDXC UHS-I Class10.

Почему купил именно такую конфигурацию — длинная история. Скажу только, что еще до покупки брал несколько раз снимать фотоаппарат Nikon D3100 KIT 18-55 VR, в том числе в отпуск, в Испанию (если что — фото есть здесь: yadi.sk/d/89oqIGgFbAG9X. Кроме того, там есть еще тестовые фото. )

Месяц назад были в гостях у родителей. Попробовал, кроме застольных фото, сделать портреты. Мне понравилось. Это — моя первая проба в портретах: https://fotki.yandex.ru/users/v-shuld/album/447108/ Снималось, естественно, на камеру Nikon D5300 KIT 18-140 VR. Никаких вспышек, освещение - комнатная люстра (5 ламп) .
Снимал и на компакт - ужас что получилось.
Смотрите (в размер экрана):
http://fotki.yandex.ru/users/v-shuld/album/448943/?p=0

Камеры ценой до 1500$ все говно! Этот ценовой сегмент придумали маркетологи, что бы удовлетворить спрос начинающих фотодрочеров.

Физическим размером матрицы, более качественной оптикой и ее многофункциональностью, скоростью работы, эргономикой.
Чем больше матрица, тем выше итоговое качество изображения при равном количестве мегапикселей.

Картинку рисует матрица (размер) и стекло, всё остальное от лукавого.

Мегапиксели - это мера "крутости" исключительно у маркетологов.
Количество этих самых мегапикселей влияет только на качество ПЕЧАТИ фото. Например, нужно Вам распечатать фото в формате А1, тут потребуются мегапиксели, а для просмотра на компе и обработки достаточно 5-8Мп, за глаза.