Есть у меня подписанный противной стороной договор.Хочу составить протокол разногласий

Тэйлор - вспомни нормы ГК о заключении договора. Вспомни что такое оферта и акцепт.

тебе прислали оферту чтобы ее безоговорочно акцептовать достаточно подписать проект договора. Но если ты не согласен с предложенными условиями то ты предлагаешь заключить договор на новых усолоиях, то есть направляешь новую оферту в виде протокола разногласий вместе с их редакцией договора .
А на практике алгоритм такой: составляшь протокол разногласий и подписываешь у шефа договор где под подписью его стоят слова "с протоколом разногласий" и также у шефа подписываешь протокол разногласий.
Потом пишешь сопроводительное письмо примерно такого текста: "Направляю в Ваш адрес договор такой - то, пописанный с нашей стороны с протоколом разногласий. Прошу Вас рассмотреть протокол разногласий подписать его и один экземпляр направить в наш адрес.
Приложение:
1. договор №----от -------1 экз.
2. Протокол разногласий к договору №-от ----------2 экз.

И всего делов. Ждешь ответа

Вы составляете протокол разногласий, затем подписываете договор с пометкой "С протоколом разногласий" и отправляете их версию договора и два протокола разногласий, подписанных с вашей стороны контрагенту.

Нужно переговорить, либо же в письменном виде указать с каким именно пунктом договора Вы не согласны. А договор не нужно подписывать, ведь Вы не согласны с условиями договора! А протокол писать нет необходимости. Ждите ответа на ваше письмо и лишь после чего согласовываете и заключаете новый договор, а за тем лишь подписываете.

все правильно