Как правильно расчитать неустойку по договору Подряда, если в договоре ответственность наступает в соот.с зак-ом.

Посмотри здесь
http://asrm.arbitr.ru/proc/kalkuljator_summi_zadolzhennosti_po_st._395

считается с момента наступления просрочки --если указано в договоре, 1/300 от ставки рефинансирования за день просрочки

согласно статье 395 ГК РФ:
1. За пользование чужими денежными средствами вследствие их неправомерного удержания, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате либо неосновательного получения или сбережения за счет другого лица подлежат уплате проценты на сумму этих средств. Размер процентов определяется существующей в месте жительства кредитора, а если кредитором является юридическое лицо, в месте его нахождения учетной ставкой банковского процента на день исполнения денежного обязательства или его соответствующей части. При взыскании долга в судебном порядке суд может удовлетворить требование кредитора, исходя из учетной ставки банковского процента на день предъявления иска или на день вынесения решения. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором.

Сначала рассчитываете до момента претензии, если ваша претензия остается без ответа, и вы решаетесь подать в суд, то и проценты можете пересчитать на момент подачи иска

долг х ставку рефинансирования (8,5%) х дни просрочки/360 х 100 это формула расчета процентов за пользование в соответствии со ст. 305 ГК РФ, где:
долг - это понятно;
ставка тоже - устанавливается ЦБ РФ;
дни просрочки - начинаются со дня возникновения обязательств по исполнению;
360 - дни года, применяется именно эта цифра утвержденная пленумом ВАС РФ и ВС РФ;
100 - процент пропорции;
рассчитывается со дня наступления обязательств до момента вынесения решения суда.