Куда мне подать в суд на должника по адресу фактического проживания, или по адресу прописки? Живёт в другом городе.

Все зависит от Вашего желания видеть ответчика в суде! Если не хотите, пишите адрес регистрации. Решение примут заочно в связи с его неявкой! Если он Вам нужен в суде, пишите по обеим адресам и контролируйте вручение повестки!

на практике в исковом заявлении указывается адрес регистрации, то есть тот адрес который у вас документально подствержден, но вы также можете сообщить суду что владеете информацией и о том, что може фактически проживать в другом месте. В любом случае подсудность определяйте по последнему известному вам и документально подтвержденному месту жительству.

не так то просто и не те статьи, как сергей смирнов советует.
Статья 28. Предъявление иска по месту жительства или месту нахождения ответчика
Иск предъявляется в суд по месту жительства ответчика.
Статья 20. Место жительства гражданина
1. Местом жительства признается место, где гражданин постоянно или преимущественно проживает.

главное как Вы докажите, что правильно определили подсудность. регистрация по месту жительства-железное доказательство, а вот "фактическое проживание" - не понятно что такое. он всегда может: вообще не приходить в суд, повестки не поличать, а потом отменит решение суда, т. к. не участвовал в нем, и будет прав.

это общее правило, есть исключения - помотрите ст. ст. 29-30 ГПК РФ (не понятно какой у Вас иск)

Исковое заявление подаётся в суд по месту регистрации. Не ужели так трудно найти в Инете адрес сайта Гаранта или другого сайта и самому прочитать 131-132 статьи ГПК РФ.