Нет ли противоречия между ст.208 ГК РФ об отсутсвии сроков исковой давности по защите прав и ст. 256 ГПК РФ (3 месяца)?

ГПК РФ устанавливает единый срок, который равен трем месяцам и не является пресекательным, т. е. в случае пропуска может быть восстановлен судом при наличии уважительных причин.
Установленный срок начинает течь со следующего дня после дня, когда лицо узнало о нарушении своих прав или свобод. Этот момент может быть определен датой получения письменного документа, которым нарушаются права и свободы гражданина, устного отказа в приеме документов, письменного отказа вышестоящего органа в удовлетворении жалобы и т. д.
При отказе в удовлетворении заявления о восстановлении пропущенного срока выносится решение, которое может быть обжаловано в кассационном порядке. Такое решение может быть принято также на стадии подготовки дела к судебному разбирательству при проведении предварительного судебного заседания. Порядок рассмотрения заявления в предварительном судебном заседании регулируется ст. 152 ГПК РФ.

Коммент. статья содержит перечень требований, на которые не распространяется исковая давность. Его расширение допускается в других законах. Характерным для требований, предусмотренных этим перечнем, является то, что в силу специфики отношений, из которых они вытекают, предметом защиты является обычно право, не ограниченное во времени.

В статье оговорена возможность ограничить ее применение к требованиям о защите личных неимущественных прав и других нематериальных благ. Правила статьи применяются, кроме случаев, предусмотренных в законе. Второе ограничение касается требований о возмещении вреда, причиненного жизни или здоровью гражданина. Они подлежат удовлетворению не более чем за три года, предшествовавшие предъявлению иска. По сути дела, в данном случае применен общий срок исковой давности (см. ст. 195), но исчисление срока произведено по правилам о длящихся требованиях, право на предъявление которых возникает не единовременно (см. п. 4 коммент. к ст. 200).

а причем тут две эти статьи не мешайте мух с котлетами

Никакого противоречия нет. Эти статьи никак друг с другом не связаны, они вообще-о совершенно разном.