Можно ли использовать "материнский капитал" в качестве взноса за квартиру взятую в ипотеку?

Да можно !
В соответствии с Правилами направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий (утверждены Постановлением Правительства от 12.12.2007г. №862) лица, получившие государственный сертификат на материнский (семейный) капитал (далее - сертификат) , вправе использовать средства (часть средств) материнского (семейного) капитала на приобретение (строительство) жилого помещения, осуществляемое гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах) , путем безналичного перечисления указанных средств юридическому лицу (индивидуальному предпринимателю) , осуществляющему отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе КРЕДИТНОЙ, предоставившей по КРЕДИТНОМУ ДОГОВОРУ (договору займа) денежные средства на указанные цели, либо физическому лицу (индивидуальному предпринимателю) , предоставившему по договору займа денежные средства на приобретение (строительство) жилья.
Также этими Правилами установлено, что в случае предоставления лицу, получившему сертификат, КРЕДИТА (займа) , в том числе ИПОТЕЧНОГО, на приобретение (строительство) жилья средства (часть средств) материнского (семейного) капитала могут быть направлены на: а) уплату первоначального взноса при получении кредита или займа, в том числе ипотечного, на приобретение или строительство жилья; б) погашение основного долга и уплату процентов по кредитам или займам, в том числе ипотечным, на приобретение или строительство жилья (за исключением штрафов, комиссий, пеней за просрочку исполнения обязательств по указанным кредитам или займам) , в том числе по кредитам или займам, обязательство по которым возникло у лица, получившего сертификат, до возникновения права на получение средств материнского (семейного) капитала.

А почему бы и нет. Он же для этого, в том числе, и предназначен.

Да. Приобретение жилья для детей, в том числе в порядке ипотеки - одна из целей преследуемых законом об этом капитале.