Подали иск о взыскании суммы долга (поставили товар, его не оплатили). Ответчик приносит в суд накладные на ту же сумму

ответчик может провести зачет по предъявленным к нему по иску требованиям только путем подачи встречного иска. судья не может об этом не знать. Однако если все так как вы говорите, то судья однозначно не прав и у вас будет стопроцентное основание для отмены его решения (если судья вам откажет в сике)

если ответчик не подает встречный иск он может впоследствии подать на вас отдельный иск по его накладным.

Основания для отказа в иске какие?
Было сделано заявление о зачете? Встречный иск подан?

При чем здесь накладные на другой товар?? ? У Вас же не договор мены был заключен. Обязательство по оплате возникло, перечень оснований прекращения обязательств исчерпывающим образом определен в гл. 26 ГК РФ. Согласно ст. 410 ГК РФ, обязательство прекращается зачетом и для зачета достаточно заявления одной стороны. Похоже, суд применил эту статью.
Обжалование решения будет иметь смысл только в том случае, если Вы представите доказательства оплаты товара, поставленного Вам по тем накладным, либо пытайтесь доказать что товар Вами не был получен, ссылаясь на то, что накладные оформлены с нарушением (получение ненадлежащим лицом и т. п.) . Но это приёмы недобросовестной стороны.

ну накладные то посмотрите, р/с проверьте, условия договора, обычно оплата считается совершенной в момент поступления денег на счет, свои счета проверьте, как деньги шли? через банк? копайте блин

если вы с чем то не согласны, вы всегда можете обжаловать. Сколько судей столько и мнений, это уже проверенно и не раз