Полномочия генерального директора ООО "Икс" переданы управляющей компании ОАО "Игрек".

Мы ужа два года управляем своими компаниями (внутри холдинга) акционерным обществом, в котором есть свой генеральный директор. Однако указание на управляющую компанию имеется только в фирменном бланке.
Все действия совершаются конкретным юридическим лицом (ООО "ИКС") в лице Управляющего (ПУПКИНА А. В.) , действующего на основании Устава. Кстати, в Уставе должно быть прописано, что Обществом может управлять другое юрлицо.

Ни у кого никогда не возникает никаких вопросов, в т. ч. и у суда. Тем вообще, выписка из ЕГРЮЛ, где указаны данные об уплавляющем и управляющей компании, при определении полномочий для суда почему-то дороже всего святого. Хотя и неверно. Никто ни разу не спросил о наличии такого договора (с управляющей компанией) . В ряде случаев, у нас его действительно нет - компании-то свои.

Хотя с точки зрения логики и права необходимо указывать ООО "Икс" в лице Управляющего от управляющей компании ОАО "Игрек" господина Пупкина А. В.

Никак, Договор заключается с гражданином имеющим на то полномочия, если в сделке он участвует как доверенное лицо (Дочернее предприятие) , то без указания реквизитов доверителя договор не может быть заключен, если это не оговорено в учредительных документах головного предприятия и филиала.

в лице генерального директора Пупкина А. В. , действующего на основании... .
и вообще не ясно, что это слияние АО либо это временное управление (и. о.)?

Если договор ВЭДовский, то нужно указывать полные данные с сылкой на головное руководство, если нет, то можно указать непосредственно ООО "Икс"