В какой суд обращаться?

Статья 28. Подведомственность экономических споров и иных дел, возникающих из гражданских правоотношений
Арбитражные суды рассматривают в порядке искового производства возникающие из гражданских правоотношений экономические споры и другие дела, связанные с осуществлением предпринимательской и иной экономической деятельности юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, другими организациями и гражданами.

Это вовсе не означает, что спор должен носить экономический характер. Здесь имеет место спор, возникающий из гражданских правоотношений, и этот спор все равно связан с осуществлением предпринимательской деятельности - это очень широкое понятие.
В любом случае суду общей юрисдикции подсудны только те дела, где одна из сторон - физическое лицо.
Но если вы сомневаетесь, можете подать иск в су общей юрисдикции, судья его рассмотрит и вернет в соответствии со ст. 135 ГПК РФ

Арбитражный

1. само по себе наличие статуса юридического лица у обеих сторон не дает оснований для передачи возникшего между ними спора в арбитражный суд
Такой нормы НЕТ ни в одном НПА России, из какой "судебной практики" выкопала его один из авторов вверху- крайне непонятно.

2.Напротив- в соответствии с п. п. 1 п. 1, п. 3 ст. 22 ГПК РФ суды (общей юрисдикции!! ) рассматривают и разрешают исковые дела с участием граждан, ОРГАНИЗАЦИЙ, органов государственной власти, органов местного самоуправления о защите нарушенных или оспариваемых прав, свобод и законных интересов, по спорам, возникающим из гражданских, семейных, трудовых, жилищных, земельных, экологических и иных правоотношений.

3.Поэтому-в случае если возникший между сторонами спор не связан с осуществлением предпринимательской и иной экономической деятельности, сторонами по делу выступают, как юридические лица, так и физические лица, подведомственность дела должна определяется по общим правилам – в зависимости от субъектного состава и характера спора.
------------------
в данном случае спор никак не связан с осуществлением экономической и предпринимательской деятельности, и, несмотря на то, что обе стороны-юридические лица, спор подведомствен- РАЙОННОМУ СУДУ

Скорее таки Арбитражный суд. Правда не понятно что произошло за затопление, но предположу. Есть офисные помещения, а может быть складские. Эти помещения юрлица используют для осуществления предпринимательской деятельности, в одном из помещений прорвало трубу (или что то еще случилось) и соответственно затопило помещение другого юрлица. Так как все происходило в связи с осуществлением предпринимательской деятельности то соответственно суд Арбитражный.

однозначно - арбитражный суд

Все дела, сторонами в которых являются юридические лица, рассматривает Арбитражный суд.