При расчете пеней по договору поставку нужно ли из суммы долга вычитать НДС ?

да нужно

В качестве примера рассмотрим следующую ситуацию. Между ООО "Альфа" и ЗАО "Бета", применяющими общую систему налогообложения, заключен договор, по условиям которого ООО "Альфа" обязуется поставить ЗАО "Бета" бытовую технику в согласованном ассортименте, а ЗАО "Бета" обязуется принять и отплатить ее. Общая стоимость техники составляет 118 000 руб. , в том числе НДС - 18 000 руб. Товар должен быть поставлен на склад покупателя не позднее 12 июля 2006 г. ЗАО "Бета" обязано оплатить бытовую технику не позднее 9 июля 2006 г. За неисполнение указанной обязанности договор предписывает начисление пеней в размере 0,1% от суммы задолженности за каждый день просрочки. ООО "Альфа" учитывает доходы и расходы по методу начислений.
ЗАО "Бета" 20 июля 2006 г. перечислило на расчетный счет ООО "Альфа" 118 000 руб. в соответствии с договором. Обязанности по поставке ООО "Альфа" выполнило своевременно и в полном объеме. В данном случае на сумму задолженности ЗАО "Бета" подлежат начислению пени с 10 июля 2006 г. по 19 июля 2006 г. из расчета 0,1% от суммы задолженности за каждый день просрочки.
Первый вопрос, который возникает у организации при подсчете пеней: исходя из какой базы их исчислять - от общей суммы долга, включающей в себя НДС (в нашем примере - 118 000 руб.) , или от "чистой" суммы долга (100 000 руб.) , не включающей в себя НДС?
Судебная практика по аналогичным проблемам крайне противоречива. Ранее Президиум ВАС РФ в п. 10 Информационного письма от 10 декабря 1996 г. N 9 указывал, что санкции необходимо начислять на сумму долга за вычетом НДС. Однако впоследствии в связи со вступлением в силу части второй Налогового кодекса этот пункт Информационного письма был исключен.
В последнее время арбитражная практика склоняется в пользу того, что при исчислении санкций за нарушение договора за базу принимается сумма задолженности без учета НДС (Постановление ФАС Московского округа от 12 октября 2004 г. N КГ-А40/9006-04; Постановление ФАС Поволжского округа от 15 ноября 2005 г. N А55-3634/05-19; Постановление ФАС Московского округа от 24 мая 2007 г. N КГ-А41/4525-07-П) .

нет. пени считаются на договорную стоимость. вовремя не рассчитались/ не поставили - на всю сумму начисляются пени. но другой момент - пени должны быть признаны должником, например даете ознакомиться с письмом с расчетом пеней и визируете у них. либо - только в судебном порядке

ГК: Статья 330. Понятие неустойки
1. Неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения.

И судебная практика как в пользу этой точки зрения, так и противоположной

Казалось бы, НДС надо вычесть, но если Вам должны денежные средства, Вы предоставили Покупателю счет-фактуру, то следовательно, Вы за него НДС в бюджет заплатили из своих средств. А он этими Вашими средствами неправомерно попользовался. Это первый момент. Момент второй. В договоре у Вас указано, к примеру, что пеня начисляется на сумму долга, а цена товара была указана с НДС и долг по бухгалтерскому учету числится с НДС. Поэтому ничего страшного не случится, если Вы рассчитаете пеню исходят из суммы долга, т. е. неоплаченная стоимость продукции плюс НДС на нее.

Обязательно

Обязательно. Пени на НДС не начисляются!