Какой тезис положить в апелляционную жалобу по оспариванию решения суда?

Хм. . Ситуация не ясная. Имеется несколько договоров подряда. А кто выполнил подряд? Смету они предоставляли? А ваша смета? Не понятна позиция суда если ваши свидетели заинтересованные лица то кто по определению суда может подтвердить? Подпись заказчика верная? Мне кажется нужно смотреть все решение суда. Или обратитесь в областную- краевую прокуратуру к помощнику прокурора по гражданским делам или запишитесь на прием. Без решения суда вам не смогут ответить.

Не знаю, скажу ли что дельное.. . Вот из собственной практики надергиваю.
Иск вытекает из гражданских правоотношений. Гражданские права и обязанности вытекают не только из договора, но и из действий или событий - ст. 8 ГК. Поэтому что там по форме или не по форме - КС -ки или произвольная форма акта - описываем. И, что-то мне кажется, актов с другим подрядчиком недостаточно. Где сметы, где договора, где допуски СРО, и прочее. Понимаю, что у Вашего клиента тоже ничего не документировалось.. . И кто вообще готовит договорную документацию - заказчик или подрядчик.
Суд критично отнесся к показаниям свидетелей, т. к. они - в трудовых отношениях с работодателем, зависимы от него. Вот если бы свидетель на момент рассмотрения дела был уже уволен, хотя ранее работал на объекте, думаю, суд отнесся бы иначе.
"Всякое преступление оставляет финансовый след". Вылизать и проглядеть до дыр всю бухгалтерскую документацию заказчика. Все налоги, балансы, сверки, отчисления в фонды, все накладные, поставки, счета-фактуры, все подписи. Где-то обнаружится присутствие работников Вашего клиента. Провести встречную сверку заказчика с новым подрядчиком - с какого срока там пошли платежи. И встречки с поставщиками - искать подписи в накладных, кто у них материалы принимал.
По субъектному составу. Новый подрядчик должен был быть привлечен в судебный процесс в качестве третьего лица. Суд вынес решение о правах и обязанностях третьего лица - установил его объем работ.
По содержанию решения. Суд должен был дать оценку заключенному подрядному договору, расписать его. И установить, какой момент с начала действия договора является началом собственно работ. Обязательства возникли, подрядчик приступил к исполнению. Подрядчику безразлично - с кем там еще заказчик назаключал договоров без исполнения - в гражданских правоотношениях каждый участвует своей волей и в своем интересе. Требований по расторжению или изменению договора, тупо по ГК, ни от одной из сторон не поступало, ergo, договор действующий. Ни претензий по срокам, ни письма об отказе.. .
А вот факт телефонных переговоров с Заказчиком можно задокументировать - распечаткой.
То есть, навскидку, неправильно определены обстоятельства, имеющие значение для дела, не доказаны судом установленные факты.
На худой конец, инициировать другой судебный процесс, установить что-нибудь и пересмотр по вновь открывшимся.. . Например, работник подрядчика в суде общей юрисдикции взыскивает с работодателя свою зарплату.
Что-то мне кажется, что здесь тема уже для уголовного разбирательства.
В общем акты - не исключают участия в работах и Вашего клиента. Суд не разобрался, кто конкретно, откуда и докуда строил объект.
Что-то все слабенько. Самым ярким кажется - отсутствие нового подрядчика в процессе, и анализ договора и актов - кто откуда и докуда строил.
Думается, апелляция это все сама не установит, должна отменить решение и направить на новое разбирательство.

какую сторону представляете Вы?

если истец действительно выполнил работу по договору - заявляйте в мвд по факту мошенничества. . допрашивайте лиц подписавших акты, работников выполнявших работы. . то же в апелляции. . истребуйте первичку..