Как правильно оформить отношения между организацией (ООО) и транспортной компанией (ИПБОЮЛ) на перевозку груза?

договор и Ип и от него акт выполненых работ по факту с указанием маршрута и груза
клопия его паспорта и водительского удостоверения
акт проще самим напечатать а он распишется а НДС есть?

Как мне представляется, Вам необходимо такой договор
http://www.consultant.ru/popular/gkrf2/4_36.html#p2411
Статья 784. Общие положения о перевозке
1. Перевозка грузов, пассажиров и багажа осуществляется на основании договора перевозки.
2. Общие условия перевозки определяются транспортными уставами и кодексами, иными законами и издаваемыми в соответствии с ними правилами.
Условия перевозки грузов, пассажиров и багажа отдельными видами транспорта, а также ответственность сторон по этим перевозкам определяются соглашением сторон, если настоящим Кодексом, транспортными уставами и кодексами, иными законами и издаваемыми в соответствии с ними правилами не установлено иное.

Статья 785. Договор перевозки груза
1. По договору перевозки груза перевозчик обязуется доставить вверенный ему отправителем груз в пункт назначения и выдать его управомоченному на получение груза лицу (получателю) , а отправитель обязуется уплатить за перевозку груза установленную плату.
2. Заключение договора перевозки груза подтверждается составлением и выдачей отправителю груза транспортной накладной (коносамента или иного документа на груз, предусмотренного соответствующим транспортным уставом или кодексом) .

Удачи

Договор аренды транспортного средства с экипажем. Я полагаю у Вас именно такие отношения, если ИП сам и хозяин машины и сам за рулём.

ИП занимается перевозками как я поняла, тогда он на ЕНВД, с ним договор и акт выполненных работ (сч/ф не выписывает) всё.