Если должник юр. лицо и у него счета в двух банках? что делать подавать в два?

ничего не проще. Указывайте в один иск. И оба счёта

А не проще через пристава.... и в заявлении указать банки где у него счета и просить наложить арест на них

Приставам подавайте ИЛ, т. к. в любом случае известные банковские счета уже арестованы и на них юрлицо деньги не переводит. Ознакомитесь с материалами ИП после его возбуждения и увидите в какие банки были сделаны запросы и может вам повезёт, вы знаете левый счёт, который пристав не удосужился обнаружить тогда либо арестовывает пристав счёт, но деньги до вас не дойдут, т. к. очерёдность, либо вы забираете ИЛ и подаёте его в банк напрямую. Мы вот с доверителем нашли такой левый счёт и в течении 5 дней сняли с него нужную сумму. Юрлицо может сняться с регистрации из реестра юрлиц и всё, приставы прекратят ИП. Все остались с деньгами только на бумаге.

Если Вы собираетесь сами лист сдать, то только в один, естественно.

Пристав может постановления в каждый банк сделать.

А каким образом банк решит ваш вопрос ?

А что именно Вы собираетесь подать? Если Вы хотите подать иск в суд, то какая разница, сколько у ответчика счетов в банках. Если у Вас уже есть на руках судебный приказ или исполнительный лист - то можете направить его для исполнения в любой из банков, если уверены, что денежных средств на этом счете достаточно для удовлетворения Ваших требований, если в этом не уверены - то лучше направьте исполнительный документ приставам и они направят свои постановления о списании денег сразу в оба банка.

Заявите ходатайство об обеспечительных мерах на оба счёта