в чём различие NTFS & FAT как лучше? и для какой ОСкакая лучше

НТФС подходит для винтов любого размера, и туда можно спихивать большие файлы. В ФАТ есть ограничение на размер как винта (не помню сколько) , так и файла (то ли 2, то ли 4 ГБ) . Кроме того, НТФС поддерживает права на файлы.
В итоге, ФАТ подходит (как единственный вариант) для Win98 и более ранних ОС, для WinNT, 2К, ХР и более новых - только НТФС. Хотя ХР и может жить на ФАТе, лучше этого не делать.
К ответу НИЖЕ моего: WinMe и Win2000 - разные вещи, Win2000 произошла от NT и ориентирована на НТФС. С ФАТом, впрочем, тоже может жить.

NTFS - может больше 4Гб файл записать.
Остальное - техническая муть.
FAT - просто стара...

Висла и выше на фат не встанет.

Все ОСы на платформе Windows NT (кстати, Win XP и старше - это NT платформа) ориентированы на НТФС.
Win ME (2000) младше ориентированы на ФАТ

Они очень сильно различаются в принципе.
NTFS использует систему метаданных (по сути каждый файл в этой системе это несколько метаданных - допустим расположение экстентов файла + атрибуты)
А на практике NTFS имеет преимущество над FAT при использовании на больших томах и поддерживает файлы большого (в теории до 2 в 64 степени байт) размера.
Также NTFS поддерживает авторизацию с использованием DACL и шифрование с использованием EFS.
В NTFS реализован аудит файловой системы (с помощью SACL).
В NTFS реализованы символьные и жесткие ссылки.
NTFS более "устойчивая" файловая система, если в FAT все сведения о структуре дисков и файлах на нем расположенных хранятся в таблицах размещения (обычно 2 копии - в начале и конце диска) , и достаточно нарушить целостность первого фрагмента таблицы, чтобы разрушить файловую систему, то в NTFS все атрибуты файла (а если файл небольшой, то и он сам) хранятся в скрытом системном файле $MFT, находящемся посередине диска, что снижает риск его повреждения.

Более подробнее можно прочитать
h t t p : / / w w w . f r o l o v - l i b . r u / d a t a r e c o v e r y / a r t i c l e s / n t f s _ v s _ f a t / i n d e x . h t m l

А по второй части вопроса - если есть поддержка NTFS со стороны ОС (а это реализованно во всех ОС windows начиная с NT/2000), то предпочтительнее использовать именно её.

Лучше NTFS - обладает поддержкой файлов более 4 гб, защитой файловой системы, возможностью сжатия данных, для последний ОС лучше ставить ее (XP, Vista, Windows7)

Естественно форматируй в нтфс. Фат - старье на некоторых дисках быстрее работает (на старых) , но не может скопировать, прочитать и т. д. файл быльше 4 гигов (образ диска и т. д.) , подвержен сбоям из-за выключения питания во время работы и вообще фат - это бред. НТФС - рулит

FAT - MS DOS, Windows 98, Windows 98 SE, Windows 2000, Windows XP
NTFS - Windows 2000, Windows XP, Vista, Windows 2007 и дальше.
С 2000 года лечу компы. С Фат легче восстанавливать систему, файлы. Загружаться для сервисных работ. Кроме того, целесообразно делать системный раздел под ФАТ. Остальные разделы можно под НТФС. У диски C, D (системные) и соответственно я поставил на них ФАТ. Остальные разделы НТФС. Если на компе нет ценных данных, не жаль переставлять систему (не вылечивая её) и нечего терять можно все разделя форматировать под НТВС. В противном случае системные разделы, диск с ценным "грузом" под ФАТ.

Кстати, да, тоже давно хотел узнать.

Максимально возможное число кластеров в FAT32 равно 268 435 445 кластеров, что позволяет использовать жёсткие диски объёмом до 8 ТБ. Штатными средствами Windows 2000 и Windows XP невозможно создать разделы FAT32 размером более 32 ГБ Максимально возможный размер файла для тома FAT32 — 4 ГБ — 4 294 967 296 байт (232 — 4 294 967 296 байт) . FAT32 не поддерживает установку разрешений на доступ к файлам и папкам и некоторые другие функции современных файловых систем. Все эти причины привели к тому, что сейчас наблюдается тенденция отказа от FAT32 в пользу более продвинутых файловых систем, таких как NTFS, XFS.