Я не могу понять влияет ли на флэшку обычное "выдергивание" её из кпк и есть ли безопаснное извлечение устройства???

Не влияет если КПК выключен (не идет процесса чтения записи).

USB SafelyRemove 4.0.4.691
Что дает USB Safely Remove по сравнению со встроенной в Windows функцией?
Остановка в один клик!
Это оригинальный и удобный способ безопасно извлечь устройство, узнать, какие устройства подключены, а также просмотреть содержимое их дисков. Просто наведите мышку на иконку программы в системном трее и Вы увидите многофункциональное меню быстрой остановки с перечнем устройств. Один клик мыши по устройству и оно безопасно извлечено!
Избавься от лишних устройств!
Вы боитесь случайно остановить встроенный в Ваш ноутбук кард-ридер или брелок защиты? Раздражает находящийся в списке устройств SATA винчестер или ADSL модем? Теперь Вы можете убрать любое устройство из меню остановки в одно движение.

Одна горячая клавиша для остановки
Любите все делать клавиатурой? Теперь Вы можете останавливать и просматривать устройства с помощью всего ОДНОЙ горячей клавиши! Не нужно помнить комбинации клавиш на каждое устройство. Работая в любой программе, нажмите сочетание клавиш (Win+S по умолчанию) , и Вы увидите меню остановки. Выберите клавишами Вверх\Вниз нужное Вам устройство и нажмите Enter для его остановки, либо Ctrl+B для просмотра содержимого дисков устройства.

Правильные и понятные имена устройств
Пользуясь USB Safely Remove, Вы легко найдете нужное устройство для остановки за счет того, что программа определяет настоящие имена устройств. Такие имена, которые устройству назначил производитель. Кроме того, Вы можете придумать для устройства собственное имя, а также назначить картинку.
Устройство не может быть остановлено прямо сейчас. Почему?
Сталкивались с тем, что Windows не позволяет извлечь устройство? Теперь эта проблема решена раз и навсегда. USB Safely Remove покажет программы, которые мешают отключить устройство, и позволит отключить их в одно действие.
Уникальная технология: "Гарантированная остановка устройств"
Иногда Windows не позволяет извлечь устройство, даже если Вы закрыли все подозрительные программы. Это проблема ядра Windows, особенно часто проявляющаяся на Windows XP. В большинстве подобных случаев USB Safely Remove позволяет абсолютно безопасно остановить устройство без потери данных. А это значит, что теперь Вы можете быть абсолютно спокойны за сохранность Ваших данных.

Уведомления о подключении и извлечении устройств
Многие люди ощущают дискомфорт, когда не получают реакции на свои действия. USB Safely Remove полностью избавлен от этой проблемы: программа выдает уведомление не только после извлечения устройства, но и после его подключения. Таким образом, Вы всегда будете знать, что устройство успешно распозналось Windows и работает. Кроме того, программа сообщает о букве диска, которая была назначена устройству.

Запуск программ после подключения и перед извлечением устройства
Отличительной особенностью USB Safely Remove от других подобных программ является способность запускать любые приложения перед извлечением устройства, а не только после его подключения. Эта функциональность позволяет делать бэкап данных перед отключением переносного винчестера, запускать Total Commander c содержимым диска подключенной флэшки, автоматически размонтировать зашифрованный TrueCrypt диск перед извлечением USB носителя и т. д.
Будут проблемы с поиском проги- стуги в Агент, сброшу.

Теоретически - может.
Практически - наврядли. По крайней мере, ни разу не возникало проблем ни с картами, ни с AS.

До 98-го использовалось безопасное извлечение..