Есть ли смысл делать RAID массив на двух винчестера WD 1Тб Green на базе системной платы Gygabyte X48-DS5?

Ненту смысла! Проблем не должно быть

Бортовой контролер это не апаратный. Он жрёт немного ресурсов но и не быстрый. Точно не помню но более 250 мб. в секунду не получишь.
Апаратные начиная от 500 баксов те смачные. У меня стоит. Я могу выдернуть шнур питания и 3 дня в кэше будут хранится все транзакции за счёт аккумуляторов. Уменя контролер босяцкий и кэш всего 256 мегов.
При включение компа контролер сам из своей памят всё запишет на диски. Можно даже в другую плату воткнут контролер с дисками и всё равно даные не будут потеряны.
RAID дома имеет смысл делать если очень важные даные. Хотя есть и другие способы. Динамические диски можно софтово срастить, можно теневую копию сделать. Задача непонятна.
Запиши при создание RAID размер стрип блока и обязательно посмотри с начинается щщ. У 7-ки эти проблемы решена. какого сектора

Если собирать массив, то лучше это делать с полноценным RAID-контроллером. Выбор дисков, тоже не лучший, так как серия GREEN работает на пониженных оборотах и вся такая из себя экономичная. То есть, при RAID 0 существенного прироста скорости чтения\записи мы не получим, а при RAID 1 и без того медленный винт, превратиться в обмороженного тормоза.

Плата позволяет, Харды тоже. Есть ли смысл делать RAID? Это вам решать, если надо - без проблем. Пониженные обороты на траффик интерфейса никак не влияют)))