Sata 300 или Sata 600 при использовании Raid 0?

Хороший вопрос. Это зависит от контроллера, например контроллер Intel ICH5R поддерживеат только 2 канала сата300 в то время, как Intel ICH9R поддерживает уже 6 каналов сата300. то же самое и с сата600.
Например был случай, когда на одной материнской плате сата3, ссд показывал 200мб/с. , а на другой - 500мб/с. , т. е. первый контроллер даже 1 канал с полной скоростью обеспечить не смог и если на хдд это было бы не заметно, то ссд все показал.
Так что смотреть нужно в первую очередь на контроллер. Возможно, дешевле будет купить дополнительный контроллер в PCI-E порт.

Ну а если жестких дисков еще нет, то проще купить 1 ссд и посадить его на сата 600.

зы. по опыту напишу винт сата600 на порту сата300 показывает скорость 90-100мб/сек. Если этот же винт посадить на порт сата600, то его скорость возрастает до 150мб/сек. (винт ST33000651AS)
Так что в случае с винтами лучше брать материнку с сата600 как минимум если все будет норм, то конечная скорость перевалит за 500мб.

ну сата 300 это скорость передаваемой информации

скорость указана для каждого из портов, однако при синхронном использовании всех четырех (или более) дело может упереться в контроллер. Если у вас ХДД с сата3, то думаю стоит брать мамку с такими же портами