В чем разница между HDD 3.5 и 2.5, кроме размера?

Разница есть и при том большая. Во первых 3,5 диски более живучи и выносливы по сравнению с дисками 2,5. Это старая истина. По скорости они одинаковы, если одинаков кэш и скорость оборотов шпинделя. Но у вас WD Blue [WD5000LPVX] 5400rpm Cache 8MB будет заметно медленее WD Caviar Blue 3.5' 1TB (WD10EZEX) за счет того что у последнего обороты шпинделя 7200 и кэш 64 мгб. Простите, что отошел от вашей темы 500GB дисков и упомнил WD Caviar Blue 3.5 на 1TB. Просто долго сам ялозил эту тему. рассматривал в том числе и WD Black. По моему мнению оптимально все же взять из всего вами перечмленного WD Caviar Blue 3.5' 1TB (WD10EZEX). Да, чуть медленее чем WD Black. Но лично протестировав голубого собрата был удивлен его холодности и скорости которая составила 190/170. Диск практически летает и переплачивать за черный не стоит. А на ваш WD Green на сайте производителя стоит скачать прошивку отменяющую парковку головок ибо частая парковка убивает диск. Для файлохранилища вообще луше на винт поставить тумблер по питанию 5 и 12в. и включать его когда нужно. Стоит так же учесть характер HDD фирмы WD. Так как эти винты стоит хорошо гонять первые 3-4 месяца, а то и пол года. Так как все косяки и поломки у WD проявляются именно в этот срок. Если выдержал, то проработает долго. А вообще по поломкам как в бытовых ПК, так и на серверах, использующих бытовые диски надежней всего проявляют себя Hitachi. У них сбоев до 20 раз меньше чем у WD и в 3-4 раза меньше поломок. При том я говорю о сравнении не с серией очень надежных HDD начального серверного уровня Hitachi Ultrastar, а обычных бытовых Deskstar. Из всех вами указаных HDD под систему я бы выбрал последний указанный вами диск, но, повторюсь.... есть дешевле и так же надежно - капельку медленее, но на практике не отличишь - 3.5' 1TB WD (WD10EZEX).

С одинаковыми технологиями, кешом и оборотами - разницы нет или она ничтожна.
Другое дело - почти всегда 2,5 дороже по деньгам.. .

Так что смысла не вижу в такой замене.

Только чтобы пристроить винт с трупа.

А на ссд не надо было писать свапки и савки, темпы всякие - прожил бы явно больше полугода.

ничем кроме размера (смотри хар-ки кеша и скорости)

2.5 могут запросто питаться от порта юсб. . им не нужен внешний блок питания.. .
причем от более скоростного юсб3
этот порт на компе голубого цвета...

скоро будет 1,5 дюйма, тоже будешь бабушку лохматить за это