Что значит "пустое место" на жёстком диске ?

Размер корзины регулируется. Можно удалять файлы в обход корзины, без возможности восстановления. При удаление файлов удаляются только теги "начала" и "конца" файлов. После чего файловая система определяет это место как свободное. Хотя данные там есть - именно поэтому всякие программы восстановления могут кое-что восстановить из удаленного. А вот если поверх этого места что-то будет записано (т. е. перезаписано) восстановить уже не возможно. Хотя может быть старшие коллеги подскажут более профессионально по данному вопросу...

Это означает, что место, которое занимали удаленные файлы, помечается как пустое. И пока туда ничего не записано, файлы можно восстановить (на этом принципе и работают программы для восстановления) . А при т. н. "безопасном удалении" освобождаемое место перезаписывается случайными данными, что делает восстановление невозможным.

нет файлы записываются просто поверх них

Из корзины можно файлы восстановить, поэтому её надо чистить, чтобы место освободить.

Тебе не кажется, что файлы как раз в пустое место и пишутся?

Нет, не так. При удалении через корзину файлы фактически не удаляются, а вырезаются и вставляются в папку корзины, которая (в винде) находится на системном диске. При этом сохраняется информация об их предыдущем местоположении.
При обычном удалении ничего никуда не копируется.
Никакого пустого места при этом не образуется. Когда файл удалён, то на его физическое место можно записать другой файл. Распределение места и выбор позиции для записи - обязанность операционной системы.

Пустое место - неформатированная часть физического носителя. Он часто (всегда? ) есть на диске после его форматорования, но это связано не с удалением, а с особенностями самих файловых систем. После того как форматирование завершено его размер не изменяется.

Не знаю, всегда удалял через корзину и проблем с местом не было. А сторонними программами удаляют чтобы восстановить сложней было))