Процессор работает на пониженной частоте, как исправить?

Вы читали спецификацию этой матери? Поддерживаемая частота FSB от 133 до 333. 400 является разгоном и материнская плата совершенно не обязана работать на такой частоте. То что у знакомого такая конфигурация завелась - это просто везение.

так может, биос нужен еще модифицированный, а не просто с сайта.

а что ты хочешь то от сервеного проца та да еще и сокет зря драконил

Возможно упирается в частоту памяти, её нужно понижать при повышении частоты процессора.

Объясняю.
Для начала стоит смотреть характеристики процессора и платы.

У нас же как народ - берет и не думает вообще. Ну 775 соркет, дырка вроде бы одинаковая - значит должно подойти.

Нет - не должно!
И не обязано!

У вас процессор, требующий системную шину 1600mhz.
И у вас плата, использующая системную шину 1333mhz.

То есть тот факт что процессор вообще запустился - вам чисто повезло, тем более, что еще для его запуска, а более точно для степпинга E0, нужно обязательно сперва обновить биос на модифицированный либо модифицировать его самому. На ревизии C0 иногда можно не делать этого, хотя лучше сделать, во избежание ошибок.
Модификация биоса заключается в добавлении микрокодов подк каждую модель Xeon, по скольку их там просто нет и плата не знает как с ними работатью.

В общем ваша плата запустила процессор так, как смогла и лучше он на ней не заработает в силу ограничения по системной шине.

Просто поймите одну вещь - всегда нужно проверять требования комплктующих и сравнивать их с характеристиками материнской платы.
Иначе проблемы с комплектующими у вас будут всю вашу жизнь.
Вы надеетесь что повезет, вставите и всё заработает.
Но вот представьте себе, что даже на современных сокетах, где всё уже до невозможности упращено, то же есть нюансы и требования.
К примеру некоторые урезанные платы по питанию поддерживают только до 65W, а некоторые люди пытаются туда поставить 95W модели и когда плата выдает им предупреждение, что процессор не подходит, они начинают лезть в биос и отключать его, но потом когда ПК начинает зависать при нагрузке, до них уже только в этот момент доходит что наверное они делают что-то не так!

На счет Xeon.
Ну да, вы взяли самый дешевый, выгодный, но нужно понимать почему он такой дешевый.
E5462 не просто так дешевле, чем E5440, всё дело в шине и именно по этому он дешевле, его не на все платы можно поставить и нормально использовать.

Думайте сперва, прежде чем совершать дичь какую-то)