Каково напряжение на SATA разъемах материнской платы?

Для передачи сигнала используется технология LVDS
При дифференциальной передаче для передачи одного сигнала используется дифференциальная пара (сигналов); это означает, что передающая сторона подаёт на проводники пары различные уровни напряжения, которые сравниваются на приёмной стороне: для декодирования информации используется разница напряжений на проводниках пары. Передатчик направляет небольшой ток (порядка 3,5 мА) в один из сигнальных проводников, в зависимости от того, какой логический уровень надо передать. На приёмной стороне ток проходит через резистор сопротивлением 100—120 Ом (равным волновому сопротивлению кабеля для уменьшения отражённого сигнала) и возвращается к отправителю сигнала по другому проводнику, образуя таким образом замкнутую электрическую цепь. В соответствии с законом Ома напряжение на резисторе будет составлять около 350 мВ. Принимающая сторона определяет полярность этого напряжения для того, чтобы определить логический уровень. Такой тип передачи называется токовая петля.

Небольшая амплитуда сигнала LVDS, а также высокая электромагнитная связь проводов дифференциальной пары друг с другом позволяют уменьшить излучаемые вовне помехи и рассеиваемую мощность.

Синфазное напряжение (среднее напряжение двух проводников) обычно составляет около 1,25 В

Не все так просто, там дифференциальные пары и без нагрузки все равно ничего не померишь.
Сигнал передается не уровнем напряжения, а током.

Думаю около 1 вольта.

Силовой кабель SATA выдает рабочее напряжение 3,3, 5 и 12 В, при силе тока в 4,5 А. или читай тут http://itkompik.ru/gramotnost/sata.html

распиновка дата сата видно на первой же странице гуглояндекса и в картинках тоже.
если это для тебя так сложно, то не лезь туда с пустой головой.