Инвалид, прописанный в Санкт-Петербурге, является ли гражданином РФ или, только, жителем Субъекта РФ.

Ну конечно является, Андрей!
У нас нет граждан субъектов РФ. А тетенька эта - тупая набитая чинуха, возомнившая себя вершителем судеб людей.
И в СПб, и в любом другом населенном пункте законы РФ для всех едины. Независимо от того, где они проживают на территории РФ,
права, обязанности, льготы у всех одинаковы. Инвалид в Соха-Якутии пользуется теми же правами, что и инвалид в СПб.
Правовое обоснование твоего вопроса можешь найти, почитав Федеральный закон от 31.05.2002 N 62-ФЗ "О гражданстве Российской Федерации"
http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=88963;div=LAW;mb=LAW;opt=1;ts=42F153C6333A24027C1C408B70DABE10
Никому ты не должен кланяться. У тебя есть право требовать от чиновников исполнения закона, если считаешь, что в отношении тебя он нарушается.
Есть еще прокуратура, в обязанности которой входит надзор за соблюдением чиновниками законодательства РФ. Есть и судебные органы.
Законы СПб не могут иметь большую силу, чем законы РФ. Как не могут и уменьшать предоставленные гражданам законами РФ гарантии их прав.
И еще. Любой гражданин РФ может свободно передвигаться по всей территории рф и по своему усмотрению выбирать место жительства.
Закон РФ от 25.06.1993 N 5242-1 "О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации"

Во первых, прописки давно уже нет

Во вторых, регистрацию в том же СПб может иметь и иностранный гражданин

К подобным тётенькам надо письменно обращаться -заказными письмами, и письменные отказы обжаловать в суде или жалобой в прокуратуру

а в чем вопрос? есть льготы, предоставляемые субъектом, есть - на федеральном уровне, видимо, за ними вы и обратились не по адресу

КОНСТИТУЦИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 4
1. Суверенитет Российской Федерации распространяется на всю ее территорию.
2. Конституция Российской Федерации и федеральные законы имеют верховенство на ВСЕЙ территории Российской Федерации.
3. Российская Федерация обеспечивает целостность и неприкосновенность своей территории.
Статья 5
1. Российская Федерация состоит из республик, краев, областей, городов федерального значения, автономной области, автономных округов - РАВНОПРАВНЫХ субъектов Российской Федерации.
2. Республика (государство) имеет свою конституцию и законодательство. Край, область, город федерального значения, автономная область, автономный округ имеет свой устав и законодательство.
3. Федеративное устройство Российской Федерации основано на ее государственной целостности, единстве системы государственной власти, разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти субъектов Российской Федерации, равноправии и самоопределении народов в Российской Федерации.
4. Во взаимоотношениях с федеральными органами государственной власти все субъекты Российской Федерации между собой РАВНОПРАВНЫ.
Статья 6
1. Гражданство Российской Федерации приобретается и прекращается в соответствии с федеральным законом, является единым и равным независимо от оснований приобретения.
2. КАЖДЫЙ ГРАЖДАНИН Российской Федерации обладает на ее территории ВСЕМИ ПРАВАМИ И СВОБОДАМИ и несет равные обязанности, предусмотренные Конституцией Российской Федерации.
3. Гражданин Российской Федерации не может быть лишен своего гражданства или права изменить его.
Статья 7
1. Российская Федерация - социальное государство, политика которого направлена на создание условий, обеспечивающих достойную жизнь и свободное развитие человека.
2. В Российской Федерации охраняются труд и здоровье людей, устанавливается гарантированный минимальный размер оплаты труда, обеспечивается государственная поддержка семьи, материнства, отцовства и детства, инвалидов и пожилых граждан, развивается система социальных служб, устанавливаются государственные пенсии, пособия и иные гарантии социальной защиты.

Взе зависит от того, на какие льготы вы претендуете, например получить земельный участок можно только по месту регистрации, по этому поводу есть даже разъяснения Верховного суда. Грубо говоря вся Россия поехала бы получать землю в Москве и Подмосковье.

Вопрос требует уточнения. Безусловно, гражданин РФ, прописанный в Санкт-Петербурге, вправе требовать исполнения федерального закона в Лен. области. (фед. закон действует на всей территории РФ) . Однако предполагаю, что гражданин обратился за какой-либо услугой (товаром) , гарантированной инвалиду по федеральному закону. Т. к. федеральный бюджет выделяет средства субъектам федерации только на прописанных в субъекте инвалидов, то Вам пытаются отказать в реализации Вашего права на территории Лен. области. Нужно смотреть конкретно что Вы просите в Лен. области!