1. Имеем ли право не ходить на допрос в налоговую, если с момента сделки прошло 4 года? 2. Зачем вызывают, что грозит?

1. Опрос свидетеля - нормальная мера налогового контроля. Вполне законная (установлена статьей 90 Налогового кодекса).
Приглашать в качестве свидетеля налоговики имеют право ЛЮБОЕ лицо, которое по их мнению может что-то знать, значимое для проводимой проверки. В том числе и генерального директора поставщика (как в Вашем случае).
2. Вы сами указываете на то, что в настоящее время Ваш контрагент находится в стадии реорганизации в форме слияния. Такие пертурбации всегда вызывают особый интерес конролеров.
Судя по приведённым данным, в конце 2015 года ООО "Рога и копыта" попало в поле зрения налоговиков и по нему начали собирать информацию для принятия решения о проведении выездной проверки. Именно в рамках этого действа у вашего предприятия брали пояснения.
Могу даже предположить, что в сделках ООО "Рога и копыто" было что-то подозрительное изначально и с не вами (ваше предприятие "зацепили" по цепочке). Но после "встречки" подозрительного стало больше:
- во-первых, потому что само ООО "Рога и копыта" решило с кем-то слиться,
- во-вторых, потому что Вы - его поставщик - почему-то с 2013 года (очень близко к сделкам) с чего-то не ведете деятельность и отчитываетесь нулями, но не ликвидируетесь (это признаки однодневки, подставной или брошенной фирмы, которую держат исключительно для проворачивания не очень законных "схем").
Так что неудивительно, что у налоговиков такой интерес как к самим "Рогам", так и к его конрагентам.
3. Что касается "глубины проверки": Так-то Вы правы - это три года.
Но не забывайте, пожалуйста, предшествующие три года, отсчитываются от ДАТЫ РЕШЕНИЯ о проведении выездной проверки. Я не особо удивлюсь, если решение о проведении выездной проверки в отношении ООО "Рога и копыта" было принято, скажем 31 декабря 2015 года. Не запрещено и вполне законно (день рабочий). В этом случае в проверяемый период вполне законным образом входит и 2012 год.
Далее: проверка по разным причинам может приостанавливаться (например, для получения дополнительной информации) - по закону до полугода.
Поэтому утверждать, что в июне 2016 года проводить опрос свидетеля в рамках выездной проверки в отношении сделки, происходившей в 2012 году, незаконно - я бы не стала. Вполне может быть и законно: если решение принималось в 2015-ом, а потом проверка приостанавливалась.
4. Правильно оформленное приглашение на опрос желательно не игнорировать.
Неявка по неуважительным причинам грозит штрафом в 1000 рублей.
Спрашивать, скорее всего будут:
- каким образом и когда нашли данного покупателя (откуда брали информацию)?
-почему выбрали именно его?
-каким образом и кто контактировал с контрагентом?
-кто подписывал договоры и прочие документы?
-имеются ли контактные данные контрагента?
-какой товар поставлялся, какие оказывались услуги?
-каким образом происходила передача товара, как доставлялся и где хранился?
-что входит в ваши обязанности как руководителя компании?
-подписывали ли вы (руководитель) договоры и другие документы от имени компании?
Наверняка поинтересуются, была ли сделка реальной, т. е. действительно ли по ней передавался товар, как часто совершались подобные сделки в прошлом и с кем (особенно если эта была разовой), могут спросить и о том, почему остановилась деятельность Вашей фирмы.
Вам самим проверка, скорее всего, не грозит - в настоящее время 2012 год уже вышел за пределы проверяемого периода: Вас по нему проверить уже не могут.

Пойти и подтвердить легальность сделок и правильность оформления документов..
А что то не так?