Законно ли снятие моих отпечатков пальцев если я прохожу как свидетель несчастного случая?

В соответствии с подп. ж) п. в. 4 ст. 9 Федерального закона от 25.07.1998 N 128-ФЗ в ред. от 01.07.2017 "О государственной дактилоскопической регистрации в Российской Федерации" дактилоскопии (не добровольной, а обязательной) могут быть подвергнуты граждане Российской Федерации, иностранные граждане и лица без гражданства «подозреваемые в совершении преступления, обвиняемые в совершении преступления, осужденные за совершение преступления, подвергнутые административному аресту».
Исходя из приведенной здесь выдержки из закона судите сами к какой категории граждан Вас можно отнести (или отнесли).
Отсюда и делайте выводы.

Это ты ПОКА проходишь как свидетель. А отпечатки могут совсем иное показать.

В принципе, если силён в юридических тонкостях (или нет денег на адвоката) можешь потребовать письменное обоснование сей процедуры.

вполне, если есть основания

Зависит от того где проживаете и какова Ваша регистрация.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19562/f2895d62358590c833b20293eb95311ce6f4a031/

у меня при посещении другой страны отпечатки брали (вернее у всех брали и заносили в комп)

Может надо исключить твои отпечатки от других, если на месте преступления много всяких.

Нет!

нефиг было в свидетели записываться.. а по сути не в курсе, скорее всего как всегда, закон, что дышло, куда повернул, то и вышло.. в смысле у нас нет ни одного закона прямого, всегда трактовать можно по разному

Нет. даже если есть основания, смотри, а то из свидетеля в обвиняемого превратишься, у меня так племянник год отсидел, за чужое преступление