В гараже сырой подвал, деревянная отделка. Завелась плесень. Как лучше поступить?

Ветиляция и еще раз вентиляция, правильно организуйте ее, если конечно вода у вас стоит по колено, тогда и она не поможет.

Засыпать-то зачем? Чтобы полы сгнили?)) )
Если не будете пользоваться - оставьте как есть. Если захотите использовать подвал - отремонтируете. Помните, что дерево в подвале почти всегда гниет. Если дерево не сильно попорчено грибком - обработайте его спец антисептиком. Если уже трухлявое - то убирайте его, все обрабатывайте от грибка, и принимайте решение, как ремонтировать подвал. Смотря из какого материала дом, какой подвал, для чего использовать, и т. п. можно оштукатурить, пластиком отделать. Чтобы не было грибка в подвале должно быть проветривание, то есть окна.

С начала лучше попробовать протравить. Это проще и дешевле всего. В продаже есть специальные серные дымовые шашки, со всеми необходимыми добавками для обеззараживания подвалов, погребов и подобных помещений. Сернистый газ легко проникает во все трещины и щели. Полное уничтожение насекомых, плесени, грибков.

Оксид серы содержащийся в дыме, соединяясь с парами воды в воздухе, образует сернистую кислоту, поэтому тщательно соблюдайте технику безопасности описанную в инструкции по применению. Этим дымом чрезвычайно опасно дышать. И перед обработкой необходимо закрыть чем-то все вентиляционные отверстия. Заходить в обрабатываемое помещение можно не ранее чем через 1–2 суток.

обработайте медным купоросом и вентиляция нужна особенно весной и летом)