Какой диаметр трубы для вытяжки должен быть?

Диаметр трубы - чем больше, тем лучше, но делать его больше, чем у выходного отверстия Вашей воздуходувки, смысла нет. Хотя и беды не будет, если сделаете больше.
Гофрированная труба - легче монтируется, но для Вас во всех отношениях хуже: она хуже выглядит и ее труднее замаскировать, в гофрах скапливается грязь (как снаружи, так и внутри трубы) .

Я себе делаю вот такой воздуховод, прямоугольную трубу по потолку (на снимке - держатели еще не закреплены и растопыриваются) :

Труба будет скрыта за карнизом (вернее, за фальш-потолком) кухонного гарнитура.

гофрированная 108мм

Нет не мало, главное конец трубы не упирать в внутреннюю стенку короба, а направить вверх по ходу вентиляционной шахты, иначе обратные завихрения обеспечены обратно в комнату или к соседу при принудительной мощной вентиляции кухни.

Так как судя из описания труба будет идти в коробе, то сами по себе размеры короба не играют роли, так как всё равно воздушный поток будет ограничен размерами трубы.
Необходимо убедиться только в том, что трубой не будут закрыты все отверстия вентиляции. То есть воздух должен иметь доступ к вентиляции как из самой кухни, так и через трубу вытяжки.
В противном случае воздух в квартире будет застоявшийся и соответственно "аромат" будет ещё тот.

Площадь сечения вытяжки должна быть равной площади сечения вентиляционного отверстия. Ну а контуры сопрягаемых сечений должны совпадать.