Как лучше покрывать рубероидом крышу дачного домика -

Выбор за вами!
На 2-х дачах было разное покрытие из рубероида:
1. Через конек с рейками на стыках и закрытием конька кровельным железом. - Стоит до сих пор (естественно уже мною 2-ды перекрытое первый раз в 1995, второй раз в 2010).
2. Горизонтально (черепично-шиферно) с проклейкой швов и прижимными рейками через 1 метр. Через 3 года в весьма сильный ветер таки продуло один из стыков и задрало крышу до конька (согласен - мой косяк, в одном месте шов оказался проклеен на 2 см всего).... Перекрыл через конек с рейками, стоял больше 10 лет, пока не продал дом на вывоз - нигде не протекло.. .
Так что я за "через конек с рейками и железом по коньку"....ИМХО

От наклона зависит. Мансарду - лучше через конек, но швы промазывать горячим битумом или битумной мастикой - сейчас полно разных. Рубероид ищите "бронированный" - крупным песком засыпанный - он лучше солнцу сопротивляется.
Плоскую крышу (веранду, например) - только горизонтально

Я крыл горизонтально и промазывал битумом стыки. 4 года и потёк

если через конек возможно затекание воды через боковой захлест, опять же если крыша хоть немного неидеальная ляжет неровно. Лучше снизу-вверх . Сам ложил через конек и очень пожалел .

Первый слой можно начать от примыканий, а второй конечно же от нижнего края крыши, потом с другой стороны, тоже снизу. Когда дойдёте с обоих сторон до середины (верха) , верхнюю полосу сделайте так, что бы она перекрывала обе стороны.

Горизонтально по второму варианту. Не будет затеканий.