После наклейки обоев выступили темные пятна

"Кто сталкивался?" - я. Было. Хорошо, что начал клеить со стены, куда потом встал шкаф. (Просвечивали однотонные флизелиновые украинские обои - трубка на вес была втрое легче голлландских, которые клеил первыми в другой комнате и они не просвечивали СОВСЕМ на аналогичной пятнистой стене.)
"выступили темные пятна, пройдут ли они после высыхания клея?" - нет. Не пройдут. Тонкая основа обоев - просвечивают темные пятна, что есть на стене - справа видна стена без обоев и с пятнами.
Сдирать обои, красить стену, клеить поновой, если это место не закроется мебелью. Или красить оставшиеся стены перед поклейкой.

если под ними было чисто то пройдут

Должно пройти, просто стена впитала влагу от клея, и вот пока она не просохнет, будут пятна.

Ещё не просохли. При поклейке окна, форточки должны быть закрыты!

50 на 50. Если стена до была чистая без пятен, то это клей и после высыхания пятен не будет. Ну а если были пятна, то только сдирать и шпаклевать по новой. Я похожие обои клеила, светленькие беж и тонкие, на стене было карандашом полосы, заказчик сам начертил, на сырых очень видно просвечивало и пятна от клея аж темные здоровые вышли, но после высыхания всё отлично, однотонно, местами жирные линии карандаша еле просвечивают, но его всё устроило, сам сказал на это клеить)

Если пятна на стене и обои их просвечивают, то не пройдут. Надо либо шпаклевать их, либо красить. Для тонких обоев стена должна быть однотонной.

есть три варианта: 1 - проблемы со стеной (наиболее вероятен), 2 - пробемы со сненой, 3 - проблемы с клеем