Такой вопрос: работаю в компании, и недавно к нам с визитом приходили сотрудники отдела по налоговым преступлениям...

Вопрос задан довольно-таки сумбурно, по типу - пришли, закашмарили, обшмонали, довольные ушли.
Постараюсь разобраться в правовом плане.
Ст. 11 ч. 2 (Закона о Милиции) (Права милиции) Милиции для выполнения возложенных на нее обязанностей предоставляется право проверять документы, удостоверяющие личность, у граждан, если имеются достаточные основания подозревать их в совершении преступления или полагать, что они находятся в розыске, либо имеется повод к возбуждению в отношении их дела об административном правонарушении;
осуществлять в порядке, установленном в соответствии с законодательством об административных правонарушениях, личный досмотр граждан, досмотр находящихся при них вещей при наличии достаточных данных полагать, что граждане имеют при себе оружие, боеприпасы, взрывчатые вещества, взрывные устройства, наркотические средства или психотропные вещества; проверять у физических и юридических лиц разрешения (лицензии) на совершение определенных действий или занятие определенной деятельностью, контроль за которыми возложен на милицию в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Ст. 27.7. Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях (Личный досмотр, досмотр вещей, находящихся при физическом лице) подробно описывает процесс досмотра .

Так, что в принципе, сотрудники милиции правы. Единственно ОЧЕНЬ ВАЖНА процедура оформления процесса досмотра (протокол, понятые и т. п. тонкости) , так как доказательства добытые незаконным путем являются недопустимыми.
Если что-то непонятно - спрашивайте.

если изъяли без понятых, то как доказательство, это не котируется, а с другой стороны ты сам знаешь где живешь!

вот если бы они там ничего не нашли ( я про сумку) тогда вы бы запросто смогли качать права.... но ведь нашли... .
Причём, вы добровольно и собственноручно печати туда положили... .
Ваш директор - чист, и невинен как белый ягнёнок... .
За то вы можете пойти за соучастие.... или даже как организатор... .
Вам нужен хороший адвокат... .
Осмотр и обыск входит в полномочия этой службы.
....
....Думать нужно было.... раньше

При осуществлении своих полномочий работники налоговой администрации НЕ ИМЕЮТ ПРАВА:
* проверять и осматривать личные вещи граждан, их автомобили, дома, квартиры, а также производить в них обыск если вы их предупредили, что это имущество не используется для получения доходов и отказались от предъявления для проверки личных вещей и имущества. (Ещё раз отметим - конкретного разграничения между личными вещами предпринимателей и объектами, которые используются для осуществления предпринимательской деятельности законом не предусмотрено. Эту границу устанавливаете вы сами.) ;
* применять физическую силу к гражданам, которые нарушают налоговое законодательство, в т. ч. - в случаях, когда они не выполняют законные требования работников налоговой администрации, отказываются допустить проверяющих к проверке, отказываются предъявить документы, удостоверяющие личность, назвать свое имя и адрес. (Отметим, что в таких случаях работники налоговой администрации должны обратиться за помощью к милиции (налоговой полиции) , которая должна такую помощь им предоставить.) ;
* самостоятельно конфисковывать, изымать, брать на "временное сбережение до установления личности или уплаты штрафа" товары или иную продукцию у граждан, которые нарушили налоговое законодательство;
* требовать немедленной уплаты штрафа в день нарушения налогового законодательства;
* задерживать граждан и требовать уплаты штрафа в связи с отсутствием у предпринимателей соответствующих документов.

В постановлении должны быть прямо перечислены конкретные действия проверяющих, на которые они уполномочены в целях конкретной проверки (ревизии) .
Закрытый перечень действий проверяющих определяется п. 25 ст. 11 Закона "О милиции".
1. Осмотр производственных, складских, торговых и иных служебных помещений, других мест хранения и использования имущества. Осмотр производится в присутствии не менее двух понятых и представителя юридического лица (представителя органа исполнительной власти или органов местного самоуправления) . Им вручается копия постановления, а также копии протоколов и описей, составленных в результате указанных действий. Необходимо подчеркнуть, что в данном случае речь идет о праве сотрудников милиции только на проведение осмотра помещений. И здесь следует провести четкую грань между двумя различными видами действий проверяющих - "осмотром" и "обыском". Осмотр, в отличие от обыска, не предполагает права сотрудников милиции вскрывать помещения в том случае, если владелец отказывается открыть их добровольно. Основанием же для проведения обыска является возбуждение уголовного дела. Кроме того, проведение обыска возможно только при наличии постановления следователя, а в ряде случаев - судебного решения.
2. Досмотр транспортных средств. В данном случае допустимо воспользоваться определением этого понятия, содержащегося в ст. 27.9 КоАП РФ: "досмотр транспортного средства представляет собой обследование транспортного средства, проводимое без нарушения его конструктивной целостности". Такой досмотр осуществляется в присутствии не менее двух понятых и лица, во владении которого находится транспортное средство, и лишь в случаях, не терпящих отлагательства, в отсутствие указанного лица. По итогам досмотра составляется протокол.
3. Изучение документов, отражающих финансовую, хозяйственную, предпринимательскую и торговую деятельность. Указанные документы могут изучаться проверяющими как на территории организации, так и вне ее. В последнем случае при получении постановления с указанием на необходимость представить документы следует в пятидневный срок с момента вручения постановления подготовить и передать заверенные надлежащим образом копии документов.
4. Изъятие документов либо их копий. Изъятие документов (копий) также обязательно сопровождается составлением протокола и описи изымаемых документов. В случае если изымаются подлинные документы, с них изготавливаются копии, которые заверяются должностным лицом органа милиции, проводящим проверку, и передаются лицу, у которого изымаются подлинные документы. В случае если копии невозможно изготовить или передать их одновременно с изъятием подлинных документов, должностное лицо органа внутренних дел, проводящее проверку или ревизию, передает заверенные копии документов лицу, у которого были изъяты подлинные документы, в течение пяти дней после изъятия, о чем делается соответствующая запись в протоколе.
5. Изъятие системных блоков. Пункт 25 ст. 11 Закона "О милиции" позволяет проверяющим изымать лишь образцы сырья, продукции и товаров, необходимые для проведения исследований или экспертиз. Однако, как уже отмечалось, при проведении проверки сотрудники милиции не ограничены только нормами Закона "О милиции". Нормы, дающие им право прибегнуть к изъятию/выемке предметов, закреплены в ст. 27.10. КоАП РФ, а также в ст. 183 УПК РФ. Однако в первом случае реализация этого права возможна в рамках уже возбужденного административного производства, во втором случае - в рамках уголовного. Таким образом, на первый взгляд выемка предметов не может быть осуществлена в ходе проверки, направленной лишь на оценку достоверности имеющихся данных, указывающих на признаки правонарушения.
Однако не следует забывать о существовании Федерального закона от 12.08.95 N 144-ФЗ "Об оперативно-розыскной деятельности". Статья 15 указанного закона допускает изъятие предметов "при решении задач оперативно-розыскной деятельности".