Обвиняемый заявил ходатайство об ознакомлении с материалами уг дела раздельно с защитником. Могут ли они и протокол

Обвиняемый и его защитник ВПРАВЕ заявить такое ходатайство и ознакомиться с материалами уголовного дела после окончания предварительного расследования и уведомления об окончании следственных действий раздельно. Исключения составляют случаи, когда обвиняемый несовершеннолетний, или не владеет языком судопроизводства, или страдает психическими или физическими недостатками (которые не позволяют ему в полной мере осуществлять свою защиту) . В этих случаях ознакомление совместно.
И защитник и обвиняемый "подписывают" протокол самостоятельно, могут и раздельно. Однако, следует учитывать, что заявляя ходатайства (не заявляя их) , позиция по делу защитника и обвиняемого должны совпадать, а для этого они должны ее согласовать пообщавшись наедине ДО подписания ими протокола ознакомления с материалами дела в порядке ст. 217 УПК РФ.
P.S. Для ранее ответивших: Протокол ознакомления в порядке ст. 217 УПК РФ составляется при ознакомлении, а никак НЕ "после суда". Протокол для защитника и подзащитного ОДИН, составление дополнительных протоколов НЕ требуется и НЕ предусмотрено действующим УПК. Обвиняемый (в случае явного затягивания процесса ознакомления) может быть ограничен (судом) во времени ознакомления с материалами дела (при этом ему будет установлен конкретный срок для ознакомления) , и никто при этом НЕ подпишет протокол ст. 217 УПК РФ БЕЗ обвиняемого.

Могут и отдельно.

могут, только протоколы это уже после суда, а с делом ознакамливаются до суда

обвиняемый имеет право полностью и чательно ознакомиться с материалами без ограничения по времени кроме отбоя и поверок, 6 месяцев как минимум в кармане у него (обвеняемого) протокол подписывают ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО при согласии обвиняемого но если он будет затягивать намеренно то могут и без него подписать

Можно отдельно. Только протокол должен быть составлен как при ознакомлении обвиняемого, так и при ознакомлении защитника. То есть должно быть 2 протокола.