больно ли делать герметизацию фиссур?

Нет . Там зубы сверлить не надо .
Запечатывание фиссур заключается в нанесении тонкого слоя пленки на жевательные поверхности моляров и примоляров (жевательные зубы) . В результате герметизации фиссур, зубы получают защиту от кариеса на многие годы.

Процедура запечатывания фиссур состоит из следующих этапов:

Запечатывание прежде всего включает в себя чистку и обработку поверхности зуба, а также ополаскивание поверхностей для удаления оставшихся после чистки частиц.
Затем на зуб наносится сглаживающая паста или гель, которые тончайшим слоем выравнивают поверхность зуба.
Через 15 секунд паста или гель тщательно смываются водой.
После того, как поверхность высыхает, на зуб наносится материал для запечатывания и высушивается до затвердевания с помощью специальной лампы.
Запечатывание во многом похоже на нанесение лака на ногти. Процедура запечатывания абсолютно безболезненна и может занимать от 5 до 45 минут в зависимости от количества обрабатываемых зубов.

Делали дочке 6,5 лет герметизацию фиссур-ей очень понравилось) И совсем не больно!

Делала четыре месяца назад. Неприятные ощущения в полости рта конечно же есть, но как таковой сильной боли нет.... на личном опыте заявляю.
Если же перед походом к врачу хотите быть вооружены, информацией конечно же, советую вот эту https://createsmile.ru/germetizaciya-fissur/ статейку прочитать. В ней описано как происходит процесс герметизации фиссуры и в чем плюсы такой стоматологической процедуры.