Можно ли поступить в Чешский вуз на магистратуру, если имеешь хороший диплом российского вуза, но ЗАОЧНО училась?

Для поступления в магистратуру чешского вуза от Вас потребуется предоставить документ об образовании по бакалаврской программе. В случае если вуз, который Вы закончили находится за пределами Чешской республики, то совместно с переводом имеющего диплома необходимо предоставить документ подтверждающий признание его эквивалентности в Чехии.

Данная процедура носит название - нострификация.
Для прохождения данной процедуры не имеет значения форма обучения, да и часто это в дипломах не указывают. Однако, важным фактором для нострификации диплома, является:
1. Изучаемые дисциплины. Если это не юридический диплом, то по остальным специальностям дисциплины схожи.
2. Количество часов. В этой части диплом заочника может "забуксовать" на нострификации, так как количество часов у заочников и очников отличается существенно и по этой причине его могут не признать, так как он не будет дотягивать по учебному плану.

Вообще если хотите поступать в чешский вуз, рекомендую Вам обратиться в образовательный центр ДЕЛОВАЯ ЕВРОПА, который много лет работает в Праге и помогает нашим соотечественникам поступать в чешские вузы: http://golden-praga.ru/vysshee_obrazovanie_v_chehii

О процедуре нострификации можете почитать тут: http://education-cz.ru/nostrifikaciya-dokumentov

Да, ещё касательно нострификации, вот группа в ВК, там есть много полезной информации: https://vk.com/obuchenievchehii

Как вы учились неважно, есть знание языка, от 5 тысяч евро на год проживания, вуз согласен вас принять с вашими предметами то без проблем

В дипломе форма обучения не указывается.

Ага. Если она училась на бухгалтера заочно, то, по вашим словам, в магистратру может поступить на инженера. Абсурд.

Если у вас есть диплом бакалавра по определенной специальности, вне зависимости от формы обучения (важен сам диплом), вы можете поступить в магистратуру для продолжения обучения по данной специальности, или же поступить в инженерию и учиться на инженера.

На этом сайте всё подробно описано eurostudy.cz