Наследников по закону было трое. Все получили свою долю. Через год в суд подал незаконнорожденный сын. Как быть?

Если в свидетельстве о рождении мальчика в графе "отец" стоит прочерк, то на сегодняшний день отцом ребенка он не является и право на наследство не имеет.
Но если вы говорите, что было исковое заявление в суд, то скорее всего, было подано заявление об установлении факта признания отцовства ( ст. 50 СК РФ) :
http://www.consultant.ru/popular/family/20_13.html#p407
То есть, в суде он будет пытаться доказать, что умерший при жизни считал его своим сыном (свидетельские показания, совместные фотографии, письма, в которых он обращается к нему как к сыну и т. д.) . Если ему удастся доказать это, то суд вынесет решение об установлении факта признания отцовства. И по этому решению суда в ЗАГСе будет зарегистрировано установление отцовства. Умершего внесут в св-во о рождении ребенка в графу "отец".
А после этого он сможет уже требовать передела наследства в свою пользу.
Опекуном ныне умершего гражданина назначить могли, так как юридически в то время отцом мальчика он не являлся.

Договориться миром - отдать ему долю, что присудит суд

Понятия "незаконнорожденный" ни семейное, ни гражданское законодательство не содержит. Если он, например, был усыновлен наследодателем, то имеет такое же право на наследство, как и другие наследники первой очереди. Им пропущен шестимесячный срок принятия наследства, но этот срок может быть восстановлен судом при наличии уважительных причин

Делить наследство на четыре доли ! :)

Он может подать иск о посмертном установлении отцовства. Суд сначала рассмотрит факты, затем назначит экспертизу по материалам близких родственников. Так что все может быть. Ситуация неприятная, а что делать?

подождите решение суда
если в графе отец он записан не был, то наследником не является

Если он докажет уважительную причину пропуска срока вступления в наследство, то всем наследникам придётся с ним делиться

пробуйте договориться,,,, он вам все таки уже не чужой,, , что так делится, что через суд а спасибо папе вашему скажите любил не только маму вашу