Как оформить ребёнка на себя, если его мать состоит в браке (фиктивном) с другим человеком? В ЗАГСЕ - отказ.

Прочитайте главу 10 Семейного Кодекса, тогда вы поймете, что в ЗАГСе вам все объяснили абсолютно правильно:
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_154792/?frame=9#p394
1. Сначала отцом ребенка будет записан муж матери ребенка, по ст. 48 ч. 2 СК РФ
2. Потом уже, если вас сей факт не устраивает, будете через суд оспаривать отцовство, по ст. 52 СК РФ.
3. Если решение будет в вашу пользу, то после его вступления в силу будете обращаться в ЗАГС для внесения изменений в актовую запись и св-во о рождении ребенка.
А насчет того, что вас что-то в таком порядке не устраивает - все вопросы в Госдуму, которая приняла Семейный Кодекс. Служба ЗАГС относится не к законодательной власти, а к исполнительной, т. е. она обязана соблюдать и исполнять действующее законодательство.

В судебном порядке

за блуд надо платить. . вот и оплачивайте судебные издержки, чтоб доказать, что вы являетесь биологическим отцом ребенка.

Ваша девушка не просто так вступила в фиктивный брак, а получила от этого какую-то выгоду. Может, замужество помогло ей получить льготы от государства, а может фиктивный супруг ей заплатил денег, т. к. этот брак нужен был ему.
За все в жизни нужно платить - сложившаяся ситуация и есть "расплата" за обман.

Если вы сейчас будете настаивать на том, что брак был фиктивным и доказывать это через суд - все ништяки, полученные вашей девушкой, автоматически обнулятся. Например, получила гражданство - а вот хрен тебе, получай заново на новых условиях.

В сложившейся ситуации вам по-любому не избежать суда и вычеркивания "фиктивного отца" только по решению суда.
Доказать суду, что брак был фиктивен очень сложно (а если этот брак заключался с целью обмана государства, то можно еще и на штрафы нарваться) .
А вот оспорить отцовство вы сможете без всяких проблем - ведь фиктивный муж не будет возражать.

Через суд. Делаете ДНК, собираете все нужные бумажки. И никакой ЗАГС вам не посмеет отказать.