должен ли уполномоченный представитель представлять свою компанию из Москвы в Арбитражном суде Хабаровского края?

Ну если у Компании имеются средства для олаты командировочных то почему бы и нет. Но вполне возможно рассмотрение дела в отсутствии истца, по его заявлению. Я бы съездил в Хабаровск. Готовы оплатить командировочные?

Статья 156. Рассмотрение дела при непредставлении отзыва на исковое заявление, дополнительных доказательств, а также в отсутствие лиц, участвующих в деле

1. Непредставление отзыва на исковое заявление или дополнительных доказательств, которые арбитражный суд предложил представить лицам, участвующим в деле, не является препятствием к рассмотрению дела по имеющимся в деле доказательствам.

2. Стороны вправе известить арбитражный суд о возможности рассмотрения дела в их отсутствие.

3. При неявке в судебное заседание арбитражного суда истца и (или) ответчика, надлежащим образом извещенных о времени и месте судебного разбирательства, суд вправе рассмотреть дело в их отсутствие.

4. В случае, если в судебное заседание не явились лица, участвующие в деле, а их явка в соответствии с настоящим Кодексом была признана обязательной арбитражным судом, суд может наложить на указанных лиц судебный штраф в порядке и в размерах, которые предусмотрены в главе 11 настоящего Кодекса.

5. При неявке в судебное заседание иных лиц, участвующих в деле и надлежащим образом извещенных о времени и месте судебного разбирательства, суд рассматривает дело в их отсутствие.

На то он и уполномоченный представитель... но конечно в этой ситуации есть варианы-можете передоверить, или же если в материалах дела имеются все необходимые документы, указавающие на Вашу правоту, можете подать ходатайство о проведении заседний в ваше отсутствие. Удачи!