Какой будет подоходный налог, если человек продал нежилое помещение, переведенное из жилой квартиры на первом этаже.

Во многом согласен с Маргаритой Рузайкиной.
1. Предмет остался прежним. Владелец тот же. Считаю, что 3 года уже прошло. Проводя аналогии, замечу, что в налоговой практике обычно учитывается фактическое время нахождения имущества в собственности. Например, есть письмо Минфина, к сожалению, не могу сообщить номер - не под рукой, в котором рассматривается следующая ситуация: человек владел 1/2 квартиры более 3-х лет, потом прикупил оставшуюся долю, переоформил во владение уже всю квартиру и тут же продал. Так вот налоговая считает, что при продаже всей квартиры, половина этой квартиры находилась в собственности более 3-х лет. И налогообложение будет происходить по приобретённой половине.
2. По поводу "использовалось в предпринимательских целях... "
На мой взгляд, предпринимательской целью должна считаться купля-продажа объекта предпринимателем в целях извлечения прибыли. У Вас, скорее всего, выдано свидетельство на нежилое на физическое лицо. Так? Ведь в свидетельсве не написано, что Вы им владете как ИП? Ну, так и считайте, что нежилым помещение владеет физицеское лицо. От этого и отталкивайтесь.
3. Ну и, как всегда, у Вас остаётся право предъявить расходы по приобретению данного помещения (если налоговая посчитает, что оно находилось в сосбвтенности менее 3-х лет) .
P.S. Попробуйте позвонить в Вашу налоговую и уточнить её позицию по данному вопросу. Если будут считать, что менее 3-х лет, то тогда надо искать какие-нибудь письма Минфина и, может быть, даже судиться. А может быть они сразу с Вами согласятся - тогда: что и копья ломать?

Не обязательно применять имущественный налоговый вычет, если сохранились документы на приобретение имущества. Доходы уменьшаться на расходы, положительная разница облагается НДФЛ

13%. Имущественный вычет применяется только при продаже жилых помещений.

Вопрос интересный . Думаю, что однозначного ответа не будет. Мои рассуждения. Из смысла п. 17. 1) ст. 217 НК РФ можно сделать вывод, что налога на доходы ( а не "подоходного налога", которого уже несколько лет не существует) не будет в силу того, что продавалось "иное имущество", находившееся в собственности более трех лет. Изменился правовой статус этого имущества, но само имущество осталось прежним, собственник не изменился. Однако, если это нежилое помещение использовалось в предпринимательских целях, то налог будет взиматься.