Система налогообложения!

Во-первых в вашем городе должен быть введён ЕНВД на транспортные услуги.
Во-вторых, оказывать вы должны именно транспортные услуги, т. е. продавать именно услуги, а не просто перевозить грузы.
Похоже, что, раз вы транспортная компания, то в уставе у вас всё же прописан вид деятельности - транспортные усуги и вам надо будет переходить на ЕНВД.

Между тем, остальные виды деятельности можно оставить на ОСНО. Те сделки, по которым, как я понимаю, вы нанимаете перевозчика, могут остаться на ОСНО. Их можно будет как-то обозначить, например услуги по организации перевозок.
Если организация применяет не один, а сразу два налоговых режима / две системы, то количество вопросов и проблем резко увеличивается.

Вам надо будет вести раздельный учёт затрат по видам деятельности, переведённым на спецрежим и не переведённым. И это без вариантов.
Пункт 7 ст. 346.26 НК РФ : Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению ЕНВД, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению ЕНВД, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению ЕНВД, иные виды предпринимательской деятельности, исчисляют и уплачивают налоги и сборы в отношении данных видов деятельности в соответствии с иными режимами налогообложения, предусмотренными НК РФ.

Конечно же это хлопотно, и лишний повод для налоговиков нарыть ошибки в учёте. Между тем, если разработать грамотный приказ об учётной политике, механизм разделения затрат, систематически следить за первичкой, то и ошибок можно избежать.

Существовать можно на разных системах налогообложении