Можно ли после представления акта проверки налоговой инспекцией подать уточненные сведения о налогообложении?

переделать можно в любом случае. как я понял из вопроса, речь идет о доходах по операциям, отнесенным Вами первоначально к облагаемым по общей системе налогобложения.
но для того, чтобы оценить перспективы "переделки" - чтобы самим не попасть в переделку - требуется ряд уточнений (но предупреждаю, что, по идее, вопросы, касающиеся налогообложения и бухгалтерского учета отдельно взятой организации, должны рассматриваться в непосредственном контакте с первичкой, вызывающей такие вопросы) :
- "приходил человек и говорил: хочу купить дверь в том то магазине" - какое отношение "тот-то магазин" имеет к Вашей организации? как оформлены эти отношения?
- "Оформляли анкету и, если банк давал разрешение, то деньги перечислялись банком в определённую организацию" - кем перечислялись и, опять-таки, что за "определенная организация"?
- работали ли Вы с клиентам только как с физическими лицами, либо еще и как с субъектами предпринимательской деятельности - ИП и юридическими лицами (заключение договоров, подписание актов, составление накладных, выставление счетов и счетов-фактур и т. д.) ?
- каким образом в Вашу организацию поступали деньги непосредственно от покупателей? только через оприходование посредством ККТ (БСО) или также и через банк на расчетный счет?

Ваш вопрос несколько отличается от ситуации, которая возникла в вашей организации. По ситуации выходит, что в вашей организации велся раздельный налоговый учет. Но дело в том, что ЕНВД налогоплательщик не выбирает, а он обязан применять ЕНВД, если условия торговли по видам и площадям удовлетворяют требованиям. Поэтому, если та часть вашей деятельности подпадала под ЕНВД, а вы использовали другую форму, то вы совершили правонарушение и налоговая должна была выявить это нарушение. Вы теперь в сущности хотите доказать налоговой об этом нарушении с целью возврата денег. Не торопитесь делать это. Подсчитайте сумму штрафа, которая грозит вам за непредставление отчетности по ЕНВД по той части деятельности (а именно так будет трактовать налоговая) , пени. Поверьте это будет весьма внушительная сумма. Сравните суммы и вам станет понятно заниматься этим вопросом или нет. Вам целесообразнее заявить в ИФНС о переходе на ЕНВД по той части деятельности, у которой была другая форма, ссылаясь на требования НК РФ, без предъявления требований о возврате денежных сумм. Данный переход оградит вас от дальнейших недоразумений. А в случае возникновения претензий со стороны налоговой можете выставить сумму переплаты в зачет.