Завышен НДС к вычету в декларации 2кв. 2007г., проверка ИФНС пришла 28 сентября 2010г. Правомерен ли штраф ?

Так, исходя из представленного материала, к Вам была применеа ст. 122 НК РФ, и именно, была дана квалификация правонарушения в виде занижения налоговой базы. Если это соответствует действительности, то алгоритм применения налоговых санкций будет выглядить следующим образом:
Согласно ст. 113 НК РФ истечение срока давности по ст. 122 НК РФ применяется со следующего дня после окончания соответствующего налогового периода. В соответствии со ст. 163 НК РФ налоговым периодом по НДС в 2007 году был квартал. Налоговй период 2 квартала оканичвается в 01.07.2007 года, считаем три года с этой даты, получаем, что срок привлечения Вас к ответственности за занижение налоговый базы в результате завышения вычета по НДС истек 01.07.2010 года. Таким образом, если Вас привлекут или привлекли к ответственности по данным основаниям, указанные действия будут являться незаконными. Однако, указанное положение не распростроняется на налоги. Да и ув. Светлана, указанный Вами бред в коментарии распространяется больше на камеральные проверки. при выездных указанные действия н совершаются

Да. Проверяют 3 года, предшевствующие проверке. П. 4, ст. 89 нк рф.

если во время проверки налоговая инспекция присылала вам письмо с указанием на ошибки, найденные при проверке, а вы не исправили их до вынесения решения налоговым органом, то правомерно, если такого письма не было, то можно обжаловать в вышестоящую инспекцию, а потом в суде.