штраф за не вовремя поданную нулевую декларацию о доходах

Абсолютно законно (на сей счет даже имеется судебная практика).
Наказывают не за неуплату налога, а за самостоятельное нарушение - нарушение срока представления декларации. При нулевом налоге к уплате сам факт нарушения срока, собственно, никуда не девается, поэтому применяется минимальный штраф - 1000 руб.
Вы можете возражать (это Ваше право) или можете ходатайствовать (делать это надо в период рассмотрения акта проверки) о снижении размера штрафа по смягчающим обстоятельствам. Такими могут быть: незначительность нарушеия, совершение его впервые и не по умыслу (по незнанию), отсутствие ущерба (вот здесь ссылайтесь на отсутствие суммы к оплате), Ваше тяжелое материальное положение и т. п. Впрочем, не факт, что это штраф снизит.
Можете и жаловаться на решение (в управление ФНС по региону), а после него - оспаривать решение в суде. Однако судебная практика, повторюсь, не в Вашу пользу.

Формально штраф законен. Согласно п. 1 ст. 119 НК РФ непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета
влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов не уплаченной в установленный законодательством о налогах и сборах срок суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.

Полностью согласна с предыдущим ответчиком.