По уплате НДФЛ предпрнимателем на ЕНВД. Имеются 3 торговые точки в двух разных Муниципальных образованиях.

1. Относительно НДФЛ.
Поскольку Вы используете систему налогообложения с ЕНВД и, соответственно, состоите на учете в двух инспекциях (по месту ведения соответствующей деятельности) , то и НДФЛ Вы должны перечислять в две инспекции. В Вашем случае он перечисляется не по месту регистрации предпринимателя, а по месту его учета как плательщика ЕНВД. Об этом было много разъяснений, например, письмо Минфина от 05.10.2010 N 03-04-05/3-590.
Так что нельзя Вам платить НДФЛ только в одной налоговой. Рискуете при проверке "нарваться" на какую-нибудь "прелесть" (самое малое - на пени) .
2. Относительно страховых взносов.
Письма Минфина (их довольно много) Вашу ситуацию неоднократно рассматривали. Мнение налоговиков, в целом, совпадает с мнением "Главбуха" - если у Вас есть несколько точек в разных муниципальных образованиях, Вы имеете право уменьшать ЕНВД на сумму страховых взносов, относящихся к выплатам работников, осуществляющих эту деятельность на территории каждого образования отдельно. Естественно, при условии раздельного учета.
Однако эта ситуация налоговым кодексом никак не прописана; однозначного ответа нет. Поэтому следует использовать положение, закрепленное в п. 7 ст. 3 НК РФ, согласно которому все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика. Как Вам будет удобно - так и делайте.

Александра права. дополню про обособленное подразделение. В другом городе - это обособленное подразделение в целях налогообложения (НК РФ) , не путайте с филиалом (ГК РФ).