Права ли налоговая?

Если ошибки действительно имеют место быть - имеют. И акт сверки здесь совсем ни при чем.
"Все хорошо" в Вашем случае означало: все платежи и все начисления отражены в КРСБ, последняя декларация дошла и учтена.
Однако ВСЕ декларации налоговая проверяет (это называется камеральная проверка). Эта проверка не делается за одну минуту и тем более не делается тем инспектором, который выпускает акт сверки. Срок ее проведения - ТРИ МЕСЯЦА.
Так что вполне вероятно, что некие ошибки нашлись именно сейчас - три месяца спустя, после проведения камеральной проверки Вашей последней декларации. Надо полагать, ошибка затрагивает начисление налога, коль Вас попросили что-то доплатить.
Еще надо полагать, что срок проверки истекает буквально вот-вот, почему просили устранить ошибку срочно.
Вы можете этого не делать, тогда инспектор, проверявший декларацию, составит акт проверки и сам исправит Ваши ошибки - доначислит налог и его будут взыскивать принудительно. Такой вариант плох тем, что тогда помимо налога может "светить" штраф.

Ситуация обычная, никаких нарушений пока не видно.
На дату сверки ничего не было - так и проверка декларации только началась и предположить, что в ней могут быть неточности или ошибки было нельзя. Сейчас можно - уже видно.
По телефону объяснить, что не так, не просто не могут - а не имеют права. Такие сведения разглашаются только самому плательщику лично или его представителю по доверенности (ну или по почте заказным письмом).

Берем документы и идём к проверяющему инспектору (не к тому, с которым сверялись - это не его работа, а к тому, который Вашу декларацию проверяет).

"идем" в налоговую с актом сверки.. сверяемся... и начинаем "быковать".. с какого такого недоплата?
предположу!!! что в налоговой что то не так..

Идите к начальнику! Везде чушки работают прикрывающие свои ж... Надо разобраться!

У Вас акты сверок подписаны на руках есть, если им нужно, пусть сами и шевелятся