Неправильно начисляли размер подоходного налога. Вопрос к профессионалам.

Ваш работодатель – налоговый агент, именно он рассчитывает, удерживает и перечисляет ваш НДФЛ в бюджет. В данном случае, я так понимаю, налоговый агент не представил вам налоговый вычет на второго ребёнка, тем самым не правильно рассчитал сумму НДФЛ.
В случае, если с вашей стороны нарушений нет :
Если налоговый агент удержал лишнюю сумму НДФЛ, сотрудник может потребовать возвратить деньги, написав соответствующее заявление. А налоговый агент должен переплату вернуть. Именно такой вывод сделал Минфин России из пункта 1 статьи 231 Налогового кодекса РФ, см. письмо Минфина России от 14.01ю2009г. № 03-04-05-01/5 Никакого специального порядка зачета или возврата налоговым агентом сумм излишне удержанного НДФЛ глава 23 не устанавливает, поэтому следует руководствоваться общим правилом зачета и возврата налогов, предусмотренным статьей 78 НК РФ. Налогоплательщик вправе вернуть излишне уплаченный НДФЛ, написав заявление. Причем этот порядок распространяется и на налоговых агентов. То есть вернуть деньги работнику должна компания, получившая от него заявление. Законодательство не конкретизирует причины, по которым может появиться переплата НДФЛ, это могут быть и ошибки в расчёте. Однако если налоговый агент не может вернуть НДФЛ сотруднику по объективным причинам (например, из-за банкротства или ликвидации компании) , деньги ему будет возвращать ИФНС.
А ваш работодатель также вернёт излишне перечисленные деньги, подав заявление в налоговую инспекцию как налоговый агент.
В случае, если с вашей стороны есть нарушения, связанные с подтверждением вами права на вычет ( это ваша обязанность) , то никакой переплаты нет – вычет вам предоставят с того месяца, когда вы подтвердите документально право на вычет. Кроме документов на ребёнка, вы должны были подать заявление на новую сумму вычета. Без вашео заявления, а значит самостоятельно, бухгалтер изменить размер вычетов ( на 2-х детей) не имеет права. Поданное до декрета заявление на вычеты касалось только одного ребёнка.
Кроме того, ваш совокупный доход мог превысить установленные пределы.

за 2009 год без проблем можно устранить .А за 2008 (если у Вас в 2008 родился 2й ребенок только через налоговую теперь) .
Точно ли Вы знаете свои права и не ошибаетесь ли насчет одинокого родителя? Вот информация -
Итак, рассмотрим случаи, когда родитель признается единственным:
- мать в тех случаях, когда ребенок рожден вне брака и его отцовство не установлено. В гл. 10 Семейного кодекса РФ отмечается, что отцом (матерью) ребенка признаются лица, которые внесены в книгу записей рождений и на момент регистрации состоят либо не состоят между собой в законном браке. Если мать, регистрирующая ребенка, не состоит в браке, то по ее указанию в установленном порядке производится запись об отце. В таком случае органы ЗАГСа выдают документ, подтверждающий, что мать является одинокой;
- приемный отец, который на момент усыновления (удочерения) не состоит в браке;
- опекуны, попечители, воспитывающие детей без матери.
В иных ситуациях вероятны споры, поскольку налоговые органы могут отказать в применении вычета в двойном размере, не признав родителя в таком случае единственным. Перечислим данные ситуации:
- родитель находится в разводе;
- отцовство признано, но брак не зарегистрирован. Согласно ст. 51 Семейного кодекса РФ указано, что, если родители не состоят в браке между собой, сведения об отце ребенка вносятся в книгу записей рождений согласно совместному заявлению отца и матери ребенка или по решению суда;
- один из родителей умер. В данной ситуации оставшегося в живых родителя нельзя признать единственным, поскольку в свидетельстве о рождении ребенка изначально записаны оба родителя;
- один из родителей лишен родительских прав. Однако в соответствии со ст. 71 Семейного кодекса РФ он может быть восстановлен в этих правах, если изменил поведение, образ жизни и (или) отношение к воспитанию ребенка. Поэтому в такой ситуации другой родитель не может считаться единственным.
Таким образом, при предоставлении стандартного налогового вычета на детей в двойном размере в 2009 г. следует учитывать данные рекомендации.

Обязаны за весь период начисления, но вернут в тот месяц, когда проведен перерасчет вместе с заработной платой. Если это 2008 год, то нужно обратиться в ИФНС с соответствующими документами и справкой с места работы о начисленной ЗП и удержанном налоге