Нужно ли убирать молодую яблоню в дом?

Что вы собрались стратифицировать?
Заносите. Толку всё равно от них никакого не будет. Вырастет дичок скорее всего.

Стратифицируют семена А яблони просто замерзнут

Какая еще стратификация... Высадите в грунт или прикопайте до весны.

Если только эти два варианта, то лучше оставить на лоджии, предварительно полить. Но нужно учесть, что корни яблонь гибнут при температуре почвы минус 12 гр. и ниже.

Вы когда-нибудь видели взрослое дерево яблони? И как думаете- будет расти такая махина у вас в доме??? И какую стратификацию с растением, а не семенами вы хотите провести???? Значит так- срочно пересадить ваши яблони в сад или в любой открытый грунт, а в следующем году привить на то, что у вас уже выросло сорта яблонь, которые вам по вкусу, но есть одно правило- прививается только такие сорта по срокам созревания, которые у вас выросли. Это значит - на летние сорта прививаются только летние сорта, на осенние- осенние. А сейчас ваши яблони прекрасно перезимуют и адаптируются к вашему климату.

Вы как будто не в России живёте и не знаете, что в своём большинстве растения у нас листопадные и должны зимовать, а не находится в тепле. Но балкон для зимовки не подходит, нужен открытый грунт.

Вы сначала прочитайте, что такое стратификация, а потом задавайте вопрос.
Яблони срочно высадить в грунт, или можете смело выбросить их с вашей лоджии.
Других вариантов нет. В квартире яблоня жить не будет, на открытой лоджии замёрзнут корни.

Оставить.

На балконе замерзнут, в квартире зачахнут. Лучший вариант прикопать их до весны, хотя бы на клумбе.

ха... дичка, выкинуть и не парится.

Если на балконе достаточно тепло, то там зимуют даже цветы, а не то, что деревья.
Место яблони точно не в доме, разве что бонсай https://leplants.ru/malus/