Нужно ли срезать две нижние ветки у яблони?
Это зависит от того, какой высоты хотите сделать штамб у дерева, то есть, где будет заканчиваться голый ствол и начнутся скелетные ветки.
Допустим, что выбранная высота штамба, такая, как на фото, обозначена зелёной линией, а цифрой 1 обозначена первая скелетная ветка..
Тогда, нижние ветки надо убрать, но не сразу.
Самая большая ошибка это сразу срезать все ветки на штамбе. Надо, чтобы у дерева утолщался ствол, чтобы дерево было крепким, красивым, для этого нужны обрастающие ветки. Поэтому на штамбе удаляем самые толстые, ветки, толще 2 см, тонкие ветки укорачиваем до 20-30 см от штамба. На фото показала красной линией.
Где и как делать срез - не важно. Важно пока оставить эти ветки. Удалите их потом, когда они станут толще 2 см, на следующий год или через год.

Какие ветки нужно срезать сверху? И вообще нужно ли верхние трогать?
Нужно. В кроне есть конкуренты, а главный ствол должен быть только один.
На фото я обозначила: 2 - главный ствол, 3 и 4 - конкуренты.
Ветку 4 надо обрезать удаляющим срезом, ветку 3 - укоротить редукционным срезом, на перевод. Если этого не сделать сейчас, то дерево вырастет многоствольным и потом развалится.
Срезы ничем замазывать не надо! Это очень вредная практика, на пользу дереву никакие замазки не идут.
Ещё можно убрать ветки, которые растут под острым углом; ветки, которые растут внутрь кроны убрать или укоротить, если они пока тонкие.
========
Когда посажено дерево? Если в том году, то подвязку можно убрать. Если дерево качается - проверьте корневую шейку, её должно быть видно, она должна находить на уровне почвы или чуть выше.

Замазывать не надо получается?
Как правильно делать редукционный или замещающий срез