можно ли выписать из квартиры отца?

Квартира муниципальная, поэтому раздел имущества после развода к ней отношения не имеет. Кто квартиросъемщик - тоже. По причине долгого непрожичвания никого выписать (выселить) нельзя, что прямо предусмотрено действующим ЖК РФ
Статья 71. Права и обязанности временно отсутствующих нанимателя жилого помещения по договору социального найма и членов его семьи
Временное отсутствие нанимателя жилого помещения по договору социального найма, кого-либо из проживающих совместно с ним членов его семьи или всех этих граждан не влечет за собой изменение их прав и обязанностей по договору социального найма.
Статья 83. Расторжение и прекращение договора социального найма жилого помещения
4. Расторжение договора социального найма жилого помещения по требованию наймодателя (не путайте с квартиросъемщиком, это о муниципальных органах) допускается в судебном порядке в случае:
1) невнесения нанимателем платы за жилое помещение и (или) коммунальные услуги в течение более шести месяцев;
2) разрушения или повреждения жилого помещения нанимателем или другими гражданами, за действия которых он отвечает;
3) систематического нарушения прав и законных интересов соседей, которое делает невозможным совместное проживание в одном жилом помещении;
4) использования жилого помещения не по назначению.
Для регистрации (прописки) несовершеннолетних согласие других проживающих не требуется.
Так что папа хорошо подготовился, в отличие от мамы.

Снять с регистрационного учета отца без его согласия - шансов мало.
В соответствии с п. 4 ст. 69 ЖК РФ "Если гражданин перестал быть членом семьи нанимателя жилоо помещения, но продолжает проживать в занимаемом жилом помещении, за ним сохраняются такие же права, какие имеют наниматель и члены его семьи... "
Сможете доказать, что отец не проживает в квартире - шанс снять его с регистрационного учета есть.
Удачи!

Так как квартира не приватизирована, то и "выписвать" Вашего отца должен собственник, или его представитель (ЖЭУ, управляющая компания) , а Вы с мамой помогите собрать доказательства, что он не проживает - опрос соседей, что не производит оплату коммунальных услуг, не осуществляет ремонт и т. д. Сами тормошите свое ЖЭУ, что бы шевелились с этим вопросом.
А вот сына он своего не пропишет, если против будут все совершеннолетние члены семьи, которые проживают в этой квартире. У ребенка ведь есть кроме отца и мать.

Выписывайте до приватизации, через суд, это возможно и не очень сложно.

выписать без участия нельзя, он при приватизации получит свою долю в квартире, как вариант в суденом порядке это сложно неуплата не сонования для выселния

Крайне не согласна со всеми вышестоящими высказываниями. Выписать вашего отца через суд не представляет никаких сложностей. Т. к. ваш отец не проживает в квартире уже 6 лет, ни о каком временном отсутствии речи быть не может, это уже отсутствие постоянное, а согласно п. 3 ст. 83: В случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда. Т. о. , в суде вам единственное, что вам нужно будет доказать - что он с вами не проживает, а если еще докажете, что и не платит за жилье - суд будет на вашей стороне.

Квартира муниципальная, значит идете в ЖКО свое и вместе с ними подаете документы в суд, доказывая что он не платит и не живет в спорной квартире.