внучка проживает со своей матерью, но прописана у меня в муниципальном жилье, есть ли шансы выписать несовершеннолетнего

Сложно, но можно. Докажите, что внучка не проживает с вами, ее вещей на вашей площади нет и вы не препятствовали ее вселению.

Если в этой квартире зарегистрирован отец внучки, то вряд ли получится. Если нет, то тоже сложно, но с хорошим адвокатом можно попытаться. В любом случае, если мать против, надо обращаться в суд. Органы опеки и попечительства тут не при чем. Их согласия на снятие с регистрации так называемых родительских детей не требуется. НО, допустим, потом, когда, все-таки сняв ребенка с регистрации по месту жительства по Вашему адресу, Вы решите приватизировать квартиру. Вот тогда у Вас могут попросить предоставить согласие опеки и попечительства на приватизацию жилья без участия внучки. И если у внучки не будет жилого помещения в собственности, проживать она будет в приватизированном жилом помещении, такое согласие Вы можете и не получить.

Нет, не выпишите, если органы опеки не дадут на это согласие. А чтобы дали, нужно основание для выписки и чтобы условия жилищные не ухудшились. И где внучка фактически проживает - не имеет значения.

Из муниципального жилья выписать практически нереально.

Если сможете доказать, что внучка не вселялась в квартиру, то можно попробовать признать её не преобредшей права пользования.

Местом жительства ребенка согласно п. 1 ст. 20 ГКРФ является место жительства его законных представителей.
Признается и является - мягко говоря, не совсем одно и то же. Не так ли?
Из чего отнюдь не следует, что право пользования жилым помещением ребенок приобретает без вселения.
Право проживания возникает при условии вселения. Раз ребенок в квартиру не вселялся, то право проживания у него не было. Следовательно, просите суд признать его неприобретшим право пользования.

Есть. в том случае, если ребенка пропишут в более лучших условиях, чем у Вас

А мать/отец где зарегистрированы? Ребенок должен быть зарегистрирован с одним из родителей (или опекунов)